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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 求教gromacs中计算表面张力的命令，感激
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huazi262039

金虫 (小有名气)

[求助] 求教gromacs中计算表面张力的命令，感激 已有1人参与

各位大神，小弟新手一枚，刚接触表面活性剂体系的计算机模拟，想请教下gromacs中怎么计算表面张力，望各位大声多多指教，不胜感激！！
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1楼 2015-08-26 14:27:36
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jerkwin

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
huazi262039: 金币+10, ★有帮助 2015-08-27 09:21:04
参看http://jerkwin.github.io/2014/09 ... B%E5%8D%95%E4%BD%8D,%E8%AE%A1%E7%AE%97%E5%8F%8A%E5%85%B6%E9%95%BF%E7%A8%8B%E6%A0%A1%E6%AD%A3/
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2楼2015-08-26 21:33:44
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huazi262039

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jerkwin at 2015-08-26 21:33:44
参看http://jerkwin.github.io/2014/09/24/GROMACS%E8%A1%A8%E9%9D%A2%E5%BC%A0%E5%8A%9B%E5%8D%95%E4%BD%8D,%E8%AE%A1%E7%AE%97%E5%8F%8A%E5%85%B6%E9%95%BF%E7%A8%8B%E6%A0%A1%E6%AD%A3/

你好，我试过g_energy这个命令，感觉计算的界面张力不准，不知道是我计算的太简单（用energy命令后选surfacetension选项就出结果了），还是我用的方法不对，还望能具体指教，谢谢。
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3楼2015-08-27 09:25:57
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jerkwin

专家顾问 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by huazi262039 at 2015-08-27 09:25:57
你好，我试过g_energy这个命令，感觉计算的界面张力不准，不知道是我计算的太简单（用energy命令后选surfacetension选项就出结果了），还是我用的方法不对，还望能具体指教，谢谢。...

具体结果和很多因素有关, 不是容易说清楚的.
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4楼2015-08-27 10:41:21
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huazi262039

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jerkwin at 2015-08-27 10:41:21
具体结果和很多因素有关, 不是容易说清楚的....

可是，我算油水界面张力时，出来的数据都是0,又是后还会出现无法计算，这是我的一些mdp文件中设置问题吗，还是说其他的问题？望指教，谢谢！！
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5楼2015-08-27 11:32:04
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jerkwin

专家顾问 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by huazi262039 at 2015-08-27 11:32:04
可是，我算油水界面张力时，出来的数据都是0,又是后还会出现无法计算，这是我的一些mdp文件中设置问题吗，还是说其他的问题？望指教，谢谢！！...

你可以加入群132266540, 里面的人做gmx, 可以讨论
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huazi262039
6楼2015-08-27 11:43:29
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huazi262039

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by jerkwin at 2015-08-27 11:43:29
你可以加入群132266540, 里面的人做gmx, 可以讨论...

嗯，好的，非常感谢！！
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7楼2015-08-27 14:32:18
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497257411

新虫 (小有名气)
请问您计算表面张力的命令是什么？谢谢
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8楼2015-10-08 11:20:16
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XYwinne

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 497257411 at 2015-10-08 11:20:16
请问您计算表面张力的命令是什么？谢谢

直接在g_energy命令下，选择surf*surften
我用这个计算过表面张力，但是始终觉得很奇怪，计算时界面都不用选择，直接得结果，如果是不同的界面我就不知道怎么处理了，不知道你有何看法？
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9楼2015-10-15 22:14:55
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497257411

新虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by XYwinne at 2015-10-15 22:14:55
直接在g_energy命令下，选择surf*surften
我用这个计算过表面张力，但是始终觉得很奇怪，计算时界面都不用选择，直接得结果，如果是不同的界面我就不知道怎么处理了，不知道你有何看法？...

好像要经过修正才能得出接近真实值
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10楼2015-10-16 11:15:27
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