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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】求教：gromacs中若有多个QM groups应该如何设置mdp文件？
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come4c

铁虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】求教：gromacs中若有多个QM groups应该如何设置mdp文件？

QMMM                     = yes
QMMM-grps                = QMatoms
QMmethod                 = AM1
QMbasis                  = 6-31G*
QMMMscheme               = ONIOM
QMmult                   = 1

手册上说QMMMscheme选oniom的话，可以设置多个QMMM-grps，每个使用不同level的QM theory，这在mdp文件中应该如何设置?

QMMM                     = yes
QMMM-grps                = QMatoms1,QMatoms2
QMmethod                 = AM1,RHF
QMbasis                  = 6-31G*,6-31G
QMMMscheme               = ONIOM
QMmult                   = 2

这样可以吗？
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1楼 2011-03-15 10:19:14
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sijifengsd

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
呵呵，我这个不是在懂。我觉得这样写程序认为你是用的am1,还是rhf来处理qmmm原子呢？还有自旋多重度2是针对的那个grp呢？

我还有个问题，在区分qm和mm区域时也设置连接原子，我想知道相应的虚原子怎么写入gro文件呢？如果是多个怎么办？
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2楼2011-06-07 21:53:52
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