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come4c

铁虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 96.4
帖子: 9
在线: 4.8小时
虫号: 1182015

[交流] 【求助】求教：gromacs中若有多个QM groups应该如何设置mdp文件？

QMMM                   = yes
QMMM-grps             = QMatoms
QMmethod                = AM1
QMbasis                = 6-31G*
QMMMscheme             = ONIOM
QMmult                = 1

手册上说QMMMscheme选oniom的话，可以设置多个QMMM-grps，每个使用不同level的QM theory，这在mdp文件中应该如何设置?

QMMM                   = yes
QMMM-grps             = QMatoms1,QMatoms2
QMmethod                = AM1,RHF
QMbasis                = 6-31G*,6-31G
QMMMscheme             = ONIOM
QMmult                = 2

这样可以吗？

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1楼 2011-03-15 10:19:14

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

sijifengsd

银虫 (小有名气)

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帖子: 94
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虫号: 794988

★
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呵呵，我这个不是在懂。我觉得这样写程序认为你是用的am1,还是rhf来处理qmmm原子呢？还有自旋多重度2是针对的那个grp呢？

我还有个问题，在区分qm和mm区域时也设置连接原子，我想知道相应的虚原子怎么写入gro文件呢？如果是多个怎么办？

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