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汕头大学海洋科学接受调剂
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come4c

铁虫 (初入文坛)


[交流] 【求助】求教:gromacs中若有多个QM groups应该如何设置mdp文件?

QMMM                     = yes
QMMM-grps                = QMatoms
QMmethod                 = AM1
QMbasis                  = 6-31G*
QMMMscheme               = ONIOM
QMmult                   = 1

手册上说QMMMscheme选oniom的话,可以设置多个QMMM-grps,每个使用不同level的QM theory,这在mdp文件中应该如何设置?

QMMM                     = yes
QMMM-grps                = QMatoms1,QMatoms2
QMmethod                 = AM1,RHF
QMbasis                  = 6-31G*,6-31G
QMMMscheme               = ONIOM
QMmult                   = 2

这样可以吗?
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sijifengsd

银虫 (小有名气)



小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
呵呵,我这个不是在懂。我觉得这样写程序认为你是用的am1,还是rhf来处理qmmm原子呢?还有自旋多重度2是针对的那个grp呢?

我还有个问题,在区分qm和mm区域时也设置连接原子,我想知道相应的虚原子怎么写入gro文件呢?如果是多个怎么办?
2楼2011-06-07 21:53:52
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