24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 2166  |  回复: 2
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

AnaSequence

金虫 (小有名气)

[求助] 16s 序列用MEGA做进化树分析遇到问题 已有1人参与

从NCBI下载了298条 FASTA格式的16s序列,跟自己测序拼接的16S序列合并,用ClustalX进行比对,然后用MEGA进行进化树分析,结果在进化树上前后相近的序列都不是BLAST找到的最相似序列对应的种属,BLAST出来也有一条排在比较上面的序列在进化树中,跟目的序列不在一个分支。遇到这种情况,一般要怎么处理?我对MEGA不算熟练。
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

AnaSequence

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jiqinger at 2015-08-26 13:16:27
应该是你选择的方法不对,你可以选择邻接法、最大似然法等方法,看看哪一个比较好。

ML,NJ,MV,UPGMA,MP等5种方法中,就UPGMA的接近BLAST的结果。我选了这些进化树中出现与目的序列最相近分支的序列,重新比对建进化树,倒是复合BLAST的了,是不是序列太多,影响比对结果,从而影响进化树的分析。
3楼2015-08-26 13:40:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 3 个回答

jiqinger

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
AnaSequence: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢 2015-08-26 13:40:44
应该是你选择的方法不对,你可以选择邻接法、最大似然法等方法,看看哪一个比较好。
123456
2楼2015-08-26 13:16:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[教师之家] 又一批高校组建人工智能学院 师资行吗 不是骗人吗 +3 yexuqing 2026-04-19 3/150 2026-04-20 11:29 by jurkat.1640
[考研] 求计算机方向调剂 +3 Toffee2 2026-04-16 6/300 2026-04-19 22:37 by ll叶
[考博] 申博自荐 +4 Linxia林夏 2026-04-13 4/200 2026-04-19 19:55 by Equinoxhua
[考研] 291求调剂 +11 关忆北. 2026-04-14 11/550 2026-04-19 17:16 by 中豫男
[考研] 求调剂 +10 小聂爱学习 2026-04-16 12/600 2026-04-19 16:51 by 中豫男
[考研] 求调剂 +6 苦命人。。。 2026-04-18 7/350 2026-04-19 16:27 by 中豫男
[考研] 327求调剂 +27 Xxjc1107. 2026-04-13 30/1500 2026-04-19 08:22 by cuisz
[考研] 294求调剂 +15 淡然654321 2026-04-15 15/750 2026-04-19 08:20 by cuisz
[考研] 0854求调剂 +23 门路摸摸 2026-04-15 27/1350 2026-04-19 01:59 by 烟雨流涯
[考研] 300求调剂 +12 橙a777 2026-04-15 12/600 2026-04-18 23:51 by 路病情
[考研] 320求调剂 +5 深郊akm 2026-04-17 5/250 2026-04-18 19:52 by 王珺璞
[考研] 22408 312求调剂 +24 门路摸摸 2026-04-14 26/1300 2026-04-18 13:04 by wunaiy88
[考研] 260求调剂 +4 Zyt1314520.. 2026-04-17 5/250 2026-04-18 08:28 by babysonlkd
[考研] 急需调剂 +9 绝不放弃22 2026-04-15 10/500 2026-04-18 08:09 by chixmc
[有机交流] 二苯甲酮酸类衍生物 50+3 小白爱主人 2026-04-17 6/300 2026-04-17 18:47 by kf2781974
[考研] 一志愿中科大材料与化工,353分还有调剂学校吗 +10 否极泰来2026 2026-04-15 12/600 2026-04-17 17:54 by mapenggao
[考研] 295分求调剂 +5 ?要上岸? 2026-04-17 5/250 2026-04-17 16:51 by fenglj492
[考研] 297工科调剂? +14 河南农业大学-能 2026-04-13 15/750 2026-04-15 13:25 by 黑科技矿业
[考研] 考研调剂 +13 长弓傲 2026-04-13 14/700 2026-04-14 14:44 by zs92450
[考研] 245求调剂 +6 冰糖橘?汽水 2026-04-13 10/500 2026-04-14 10:49 by jyl0317
信息提示
请填处理意见