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AnaSequence

金虫 (小有名气)

[求助] 16s 序列用MEGA做进化树分析遇到问题 已有1人参与

从NCBI下载了298条 FASTA格式的16s序列,跟自己测序拼接的16S序列合并,用ClustalX进行比对,然后用MEGA进行进化树分析,结果在进化树上前后相近的序列都不是BLAST找到的最相似序列对应的种属,BLAST出来也有一条排在比较上面的序列在进化树中,跟目的序列不在一个分支。遇到这种情况,一般要怎么处理?我对MEGA不算熟练。
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jiqinger

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
AnaSequence: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢 2015-08-26 13:40:44
应该是你选择的方法不对,你可以选择邻接法、最大似然法等方法,看看哪一个比较好。
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2楼2015-08-26 13:16:27
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AnaSequence

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jiqinger at 2015-08-26 13:16:27
应该是你选择的方法不对,你可以选择邻接法、最大似然法等方法,看看哪一个比较好。

ML,NJ,MV,UPGMA,MP等5种方法中,就UPGMA的接近BLAST的结果。我选了这些进化树中出现与目的序列最相近分支的序列,重新比对建进化树,倒是复合BLAST的了,是不是序列太多,影响比对结果,从而影响进化树的分析。
3楼2015-08-26 13:40:28
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