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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 16s 序列用MEGA做进化树分析遇到问题
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AnaSequence

金虫 (小有名气)

[求助] 16s 序列用MEGA做进化树分析遇到问题 已有1人参与

从NCBI下载了298条 FASTA格式的16s序列，跟自己测序拼接的16S序列合并，用ClustalX进行比对，然后用MEGA进行进化树分析，结果在进化树上前后相近的序列都不是BLAST找到的最相似序列对应的种属，BLAST出来也有一条排在比较上面的序列在进化树中，跟目的序列不在一个分支。遇到这种情况，一般要怎么处理？我对MEGA不算熟练。
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1楼 2015-08-26 13:12:38
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jiqinger

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
AnaSequence: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢 2015-08-26 13:40:44
应该是你选择的方法不对，你可以选择邻接法、最大似然法等方法，看看哪一个比较好。
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123456
2楼2015-08-26 13:16:27
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AnaSequence

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiqinger at 2015-08-26 13:16:27
应该是你选择的方法不对，你可以选择邻接法、最大似然法等方法，看看哪一个比较好。

ML,NJ,MV,UPGMA,MP等5种方法中，就UPGMA的接近BLAST的结果。我选了这些进化树中出现与目的序列最相近分支的序列，重新比对建进化树，倒是复合BLAST的了，是不是序列太多，影响比对结果，从而影响进化树的分析。
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3楼2015-08-26 13:40:28
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