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shenl891

铁虫 (初入文坛)

[求助] 新手刚开始用amber，读入pdb文件时，出现下列提示，如何解决 已有1人参与

新手刚开始用amber，读入pdb文件时，出现下列提示，如何解决？我了解过这种提示可能和pdb文件本身有关。我的pdb文件是autoduck对接之后的构象保存到pdb文件，包括配体和蛋白质分子，想继续对它进行动力学模拟。图片中间的提示部分省略了，为什么这么多原子不在氨基酸残基序列中？这样的pdb读入后，amber还能正常运算吗？我之前在网上看，有人说需要补全残基？我想做活性位点相关的分析，是否需要补全残基呀？如何判断蛋白质分子是否有残缺的残基？如果需要补全残基的话要如何操作？是需要补全残基之后再对接？还是讲对接结果补全残基呀？我用的立场是ff10.谢谢指教。

新手刚开始用amber，读入pdb文件时，出现下列提示，如何解决
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新手刚开始用amber，读入pdb文件时，出现下列提示，如何解决-1
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asb
1楼 2015-08-26 09:19:53
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百步穿杨999

至尊木虫 (著名写手)
PDB文件处理的有问题，建议对接后只保存配体pdb文件，然后再在原始受体后面贴上配体坐标，复合物的pdb不能直接导入，要对配体处理一下才行。最好先在pdb数据库上下一个复合物练手。

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你的夕阳，我的容颜，谁的三分之一年
2楼2015-08-26 21:07:00
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dingmei

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
shenl891: 金币+3 2015-09-12 21:24:49
你这是amber无法识别复合物中的有些原子，需要把小分子准备下，创建其拓扑和坐标文件，然后再创建复合物的，您参考。
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3楼2015-09-07 08:50:03
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