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新手刚开始用amber，读入pdb文件时，出现下列提示，如何解决 已有1人参与
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新手刚开始用amber，读入pdb文件时，出现下列提示，如何解决？我了解过这种提示可能和pdb文件本身有关。我的pdb文件是autoduck对接之后的构象保存到pdb文件，包括配体和蛋白质分子，想继续对它进行动力学模拟。图片中间的提示部分省略了，为什么这么多原子不在氨基酸残基序列中？这样的pdb读入后，amber还能正常运算吗？我之前在网上看，有人说需要补全残基？我想做活性位点相关的分析，是否需要补全残基呀？如何判断蛋白质分子是否有残缺的残基？如果需要补全残基的话要如何操作？是需要补全残基之后再对接？还是讲对接结果补全残基呀？我用的立场是ff10.谢谢指教。 ~{X`{N}SX`NJ_TS]KPF5ISM.png  L_$8}5T$]2DY9P1UD5QBLB7.png |
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3楼2015-09-07 08:50:03
百步穿杨999
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2楼2015-08-26 21:07:00
