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吉米爱多

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] gromacs支持并行有没有最大核数限制?如果拿到超算中心算的话有没有限制?

有没有虫友拿去超算中心用户gromacs算的哈?现在用的64threads的服务器,跑的时候也直接默认就是用64threads,不用做其他设置。想请问如果用更多核去算,用不用另作设置?比如128核?
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by 吉米爱多 at 2015-08-24 18:49:35
谢谢,很清楚!这样的话,几百个核并行也来算一个任务也应该是没问题的了吧?...

是的,如果超算中心允许你一次调用这么多核的话。
4楼2015-08-26 08:18:40
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
吉米爱多: 金币+10 2015-08-25 14:47:21
在单个节点(node)上,gromacs会自动探测节点的CPU数目来调用所有的CPU。

超算中心上一般是跨节点运行程序,一般的超算中心都会有自己的任务排队系统(PBS, SLURM, LSF),不同的排队系统有不同的提交任务的脚本,在脚本中指定节点数就会调用所有节点中的CPU.
2楼2015-08-25 14:24:43
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吉米爱多

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lsloneil at 2015-08-25 14:24:43
在单个节点(node)上,gromacs会自动探测节点的CPU数目来调用所有的CPU。

超算中心上一般是跨节点运行程序,一般的超算中心都会有自己的任务排队系统(PBS, SLURM, LSF),不同的排队系统有不同的提交任务的脚本, ...

谢谢,很清楚!这样的话,几百个核并行也来算一个任务也应该是没问题的了吧?
3楼2015-08-25 14:49:35
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