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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs支持并行有没有最大核数限制？如果拿到超算中心算的话有没有限制？
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吉米爱多

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] gromacs支持并行有没有最大核数限制？如果拿到超算中心算的话有没有限制？

有没有虫友拿去超算中心用户gromacs算的哈？现在用的64threads的服务器，跑的时候也直接默认就是用64threads，不用做其他设置。想请问如果用更多核去算，用不用另作设置？比如128核？
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1楼 2015-08-25 14:17:49
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吉米爱多

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lsloneil at 2015-08-25 14:24:43
在单个节点(node）上，gromacs会自动探测节点的CPU数目来调用所有的CPU。

超算中心上一般是跨节点运行程序，一般的超算中心都会有自己的任务排队系统(PBS, SLURM, LSF），不同的排队系统有不同的提交任务的脚本， ...

谢谢，很清楚！这样的话，几百个核并行也来算一个任务也应该是没问题的了吧？
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3楼2015-08-25 14:49:35
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
吉米爱多: 金币+10 2015-08-25 14:47:21
在单个节点(node）上，gromacs会自动探测节点的CPU数目来调用所有的CPU。

超算中心上一般是跨节点运行程序，一般的超算中心都会有自己的任务排队系统(PBS, SLURM, LSF），不同的排队系统有不同的提交任务的脚本，在脚本中指定节点数就会调用所有节点中的CPU.
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2楼2015-08-25 14:24:43
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by 吉米爱多 at 2015-08-24 18:49:35
谢谢，很清楚！这样的话，几百个核并行也来算一个任务也应该是没问题的了吧？...

是的，如果超算中心允许你一次调用这么多核的话。
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4楼2015-08-26 08:18:40
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