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sxfldn

新虫 (初入文坛)

[求助] 二代测序的问题 已有1人参与

昨天刚接触二代测序,有很多问题不懂,可能大神会觉得这些问题很幼稚,但是 还是恳请能够详细回答一下
二代测序中 末端补平的作用是什么?
割胶纯化这一步骤, DNA不是双链结构吗?如果是,那为什么需要留下连接完整的产物,去掉残缺不全的?而且,割胶会不会去掉接头?
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
sxfldn: 回帖置顶 2015-08-26 08:32:01
sxfldn: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2015-08-26 08:32:29
严谨一点的话,应该请你把你看的这个protocol发一下,才好解答。
目前我姑且认为你在问的是传统建库步骤的问题。

末端补平是因为前一步的物理打断步骤产生的DNA片段两端有可能为长短不一的粘端,需要先补平,再形成1bp的A碱基的小粘端,才能较高效地连接带T粘端的接头。

切胶是为了选择合适大小的DNA片段,与双链与否没啥特殊关系。并且理论上通过切胶一般也达不到”选择完整“”去除不全“的DNA片段的目的。

如果切胶选择的size比较大,可以比较有效的去除接头及二聚体。

PS:现在切胶用的少了,常用的是AMPure Beads磁珠处理。
2楼2015-08-25 10:32:11
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sxfldn

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by gaoyang636 at 2015-08-25 10:32:11
严谨一点的话,应该请你把你看的这个protocol发一下,才好解答。
目前我姑且认为你在问的是传统建库步骤的问题。

末端补平是因为前一步的物理打断步骤产生的DNA片段两端有可能为长短不一的粘端,需要先补平,再 ...

好  谢谢
3楼2015-08-26 08:30:52
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