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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 转录组测序中的SNP如何分析
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真高兴

新虫 (初入文坛)

[求助] 转录组测序中的SNP如何分析 已有4人参与

Type                      S1.homo.S2.homo           S1.hete.S2.homo        S1.homo.S2.hete        S1.hete.S2.hete             Total       
01_vs_ 02                  2,100                             86,791                          78,909                      176,900            344,700       
这表里的东西都说明了什么问题，代表什么？
01-vs-02，如果顺序变成02-vs-01对结果有影响吗？还有其余的表格里面的Y  W  R等都表示什么，谢谢明白人指教！
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1楼 2015-08-23 22:01:14
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happy6

木虫 (著名写手)
建议问一下帮你测序的公司。技术人员都会帮你解答的，仅仅根据你提供的这些资料不好回答你。尤其是你后面问的其他表格的内容。
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2楼2015-08-24 09:40:13
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真高兴

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by happy6 at 2015-08-24 09:40:13
建议问一下帮你测序的公司。技术人员都会帮你解答的，仅仅根据你提供的这些资料不好回答你。尤其是你后面问的其他表格的内容。

那您知道  S1.homo.S2.homo           S1.hete.S2.homo        这些都表示什么吗？
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3楼2015-08-24 21:27:29
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happy6

木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 真高兴 at 2015-08-24 21:27:29
那您知道  S1.homo.S2.homo           S1.hete.S2.homo        这些都表示什么吗？...

不好意思，我也不太清楚。
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4楼2015-08-25 09:36:40
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huangxin2011

捐助贵宾 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
homo代表Homozygous纯合体
hete代表Heterozygous杂合体
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5楼2015-08-25 15:37:58
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18843419153

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

我有个问题想咨询你一下，就是在测序结果回来后你的snp数据是不是vcf格式的啊？那么大的vcf文件你是怎么打开的？我现在就停在这一步了。
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6楼2016-03-13 14:50:39
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越加油

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

推荐一款针对二代测序的数据分析软件，从原始数据直接到差异表达，变异分析等，不需要强大的生物信息背景。软件界面化并且在windows下运行，不需要写脚本，操作简单。报告可存成txt格式。北京华生恒业科技有限公司，NextGENe软件，可以申请试用版哦~~公司网址：http://www.todaysoft.com.cn
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7楼2016-03-15 14:03:15
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肖麒

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

Y、R、M等代表兼并碱基
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8楼2018-06-02 00:21:01
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