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真高兴

新虫 (初入文坛)

[求助] 转录组测序中的SNP如何分析 已有4人参与

Type                      S1.homo.S2.homo           S1.hete.S2.homo        S1.homo.S2.hete        S1.hete.S2.hete             Total       
01_vs_ 02                  2,100                             86,791                          78,909                      176,900            344,700       
这表里的东西都说明了什么问题,代表什么?
01-vs-02,如果顺序变成02-vs-01对结果有影响吗?还有其余的表格里面的Y  W  R等都表示什么,谢谢明白人指教!
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happy6

木虫 (著名写手)

建议问一下帮你测序的公司。技术人员都会帮你解答的,仅仅根据你提供的这些资料不好回答你。尤其是你后面问的其他表格的内容。
2楼2015-08-24 09:40:13
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真高兴

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by happy6 at 2015-08-24 09:40:13
建议问一下帮你测序的公司。技术人员都会帮你解答的,仅仅根据你提供的这些资料不好回答你。尤其是你后面问的其他表格的内容。

那您知道  S1.homo.S2.homo           S1.hete.S2.homo        这些都表示什么吗?
3楼2015-08-24 21:27:29
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happy6

木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 真高兴 at 2015-08-24 21:27:29
那您知道  S1.homo.S2.homo           S1.hete.S2.homo        这些都表示什么吗?...

不好意思,我也不太清楚。
4楼2015-08-25 09:36:40
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huangxin2011

捐助贵宾 (小有名气)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
homo代表Homozygous纯合体
hete代表Heterozygous杂合体
5楼2015-08-25 15:37:58
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18843419153

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

我有个问题想咨询你一下,就是在测序结果回来后你的snp数据是不是vcf格式的啊?那么大的vcf文件你是怎么打开的?我现在就停在这一步了。
6楼2016-03-13 14:50:39
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越加油

新虫 (初入文坛)


【答案】应助回帖

推荐一款针对二代测序的数据分析软件,从原始数据直接到差异表达,变异分析等,不需要强大的生物信息背景。软件界面化并且在windows下运行,不需要写脚本,操作简单。报告可存成txt格式。北京华生恒业科技有限公司,NextGENe软件,可以申请试用版哦~~公司网址:http://www.todaysoft.com.cn
7楼2016-03-15 14:03:15
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肖麒

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

Y、R、M等代表兼并碱基
8楼2018-06-02 00:21:01
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