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AIKX

金虫 (正式写手)

[求助] 24孔板细胞RNA抽提一直失败,请教大侠分析并指导,重金悬赏,急急急!!! 已有4人参与

本人之前一直有进行RNA提取方面的实验,但主要为组织或者六孔板细胞RNA提取(均使用TRIZOL Reagent),结果都还不错。不过最近由于开展的细胞水平实验处理组较多,老师提议用24板培养细胞, 接种密度在200,000左右,按理说这个密度用于提取RNA足够,自己也试过直接用分离后的卵巢颗粒细胞(1ml)提取RNA,尽管Nanodrop检测A260/A230和A260/A280都略微偏低 (浓度约100ng/ul,最后溶解于18ul DEPC water),但是1.5%琼脂糖凝胶电泳检测能看到完整且单一的28S和18St条带 (比值至少1.5:1),这应该能够说明这个细胞量提取RNA不存在问题。不过当用24孔板培养细胞72h后 (细胞密度同上, 72h后覆盖率能到达70%以上,肉眼估计),我尝试使用1ml或者200ul Trizol提取RNA,但均未成功,RNA含量很低,大概4-60 ng/ul (最终溶解于16ul DEPC water), 且A260/A280在1.6左右而A260/A230低于0.8,电泳检测到非常微弱甚至无条带 (上样量3.5ul)。 具体操作步骤如下:
收集培养液之后,用预冷的PBS冲洗细胞两次,之后加入200ulTRIzol/ 孔,冰上放置2-3 min后, 用枪头反复吹打数次,显微镜下观察无细胞残留为止,将TRIZOL裂解液转移至新的1.5mL离心管,涡旋3min以充分裂解细胞,之后室温放置5min后加入40ul氯仿,剧烈震荡30sec后静置3min,然后于12,000g离心15min,吸取上清液约70ul至新的离心管,加入等量的异丙醇轻微振荡混匀后室温静置10min后,于12,000g离心10min, 弃去上清液,加入即配即用的1 ml 75%(DEPC水配制)洗涤两次 (7,500g 5 min)后弃去液体,之后短暂离心30sec,用中号枪头吸取多余液体后,置于空气干燥5min后,加15ulDEPC water溶解,最好保存至-80°冰箱。

用同样的方法试提组织RNA (200ul TRIZOL)结果很好,也尝试用1ml、500ul 提取24孔板RNA但也失败了,请教各位大侠是怎么从24孔板收集细胞并提取高质量的RNA (是否是加入PBS后,用细胞刷刮下细胞,然后转移至EP管,接着TRIZOL提取呢),可以share你的提取步骤吗?另外,是否有必要使用核酸助沉剂比如糖原等,后面沉淀过程中有使用醋酸钠吗?请各位指点,请大家分享下自己的经验,不甚感激!!
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Fearskeeponesmall!
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AIKX

金虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by seeker91 at 2015-08-19 14:08:34
方法没问题,可能是细胞72小时后开始衰退了?
祝福祝福

谢谢回答哈 之前用六孔板做同样的实验  没有出现类似问题 无血清处理后 细胞可能会受到一些影响 但是也不至于提不出来呢 后面镜检的时候 感觉细胞量还是挺多的 基本有70%铺板率
Fearskeeponesmall!
7楼2015-08-20 10:17:56
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781055707

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
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AIKX: 金币+2, 感谢回复! 2015-08-19 10:42:03
那你用6孔板培养试试。
采菊东篱下,悠然见南山。
2楼2015-08-19 10:18:33
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AIKX

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 781055707 at 2015-08-18 14:18:33
那你用6孔板培养试试。

谢谢您的回复,不过由于处理组过多,所以还是想用24孔板试试,现在主要想解决24孔板RNA提取问题。
Fearskeeponesmall!
3楼2015-08-19 10:41:09
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AIKX

金虫 (正式写手)

不要沉啊  自己先顶一个
Fearskeeponesmall!
4楼2015-08-20 09:34:30
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seeker91

木虫 (文坛精英)


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
AIKX: 金币+5 2015-08-20 23:04:56
方法没问题,可能是细胞72小时后开始衰退了?
祝福祝福
5楼2015-08-20 10:08:34
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小翠迪

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
AIKX: 金币+3 2015-08-20 23:05:02
曾经遇到跟你一样的问题,自从用了OMEGA 总RNA提取试剂盒虽然有点像,但是我真的不是托……真的,谁用谁知道,推荐你用。当然建立在细胞密度比较好的基础上。
6楼2015-08-20 10:12:24
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AIKX

金虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 小翠迪 at 2015-08-19 14:12:24
曾经遇到跟你一样的问题,自从用了OMEGA 总RNA提取试剂盒虽然有点像,但是我真的不是托……真的,谁用谁知道,推荐你用。当然建立在细胞密度比较好的基础上。

谢谢回答, 你有用这个提取24孔板RNA吗?
Fearskeeponesmall!
8楼2015-08-20 10:18:32
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AIKX

金虫 (正式写手)

另外,A260/A280及A260/A230是否与RNA量有很大关系呢?之前提取RNA时 如果能看到沉淀 这两个比率都挺好 但现在提24孔板RNA 看不到沉淀 两个比值都偏低
Fearskeeponesmall!
9楼2015-08-20 10:21:00
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y_123h

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
AIKX: 金币+5, 有帮助, 主要想针对24孔板找到合适的方法 磁珠法以前用过 不过不知道24孔板用它效果如何? 2015-08-20 22:40:54
建议使用磁珠法提取RNA,我用过杭州一家公司的磁珠法试剂盒,提取效率很高,而且价格不高,我们这边实验室用的都是这种方法,我们学校代理人的号码是15757111779
不断的超越自我
10楼2015-08-20 16:39:31
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