应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 以下步骤正确吗？用Materials studio求水的内聚能密度？
101/1返回列表
查看: 3882  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

yuqufan

木虫 (著名写手)

[求助] 以下步骤正确吗？用Materials studio求水的内聚能密度？ 已有1人参与

1画好水分子，点击Modules菜单下Amorphous Cell—Calculation。
2.Setup选项卡中Composition中Molecular中选中结构优化后的H2O.xsd文件，Loading为1，会自动生成盒子的大小。（1个水分子是否合适？）  
3.对AC盒子进行Anneal NVT平衡。
4.Anneal退火。
5.NVT、NPT平衡：NVT、NPT交替跑了5次。
6.NPT跑生产。100帧图。（10ns 100帧图是不是少了点啊？）
7.计算内聚能密度。
但为什么计算出来水的密度为1.2左右，后来调节NPT的压力为0.0001GPa（1个大气压），计算出水的密度仍然是1.2左右？请给予指点！
该步骤有无问题。最好是有高手能将计算的正确过程能详细贴出来。
文献的参数如图中：

以下步骤正确吗？用Materials studio求水的内聚能密度？
1.JPG


以下步骤正确吗？用Materials studio求水的内聚能密度？-1
2.JPG
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

xuexijisuan

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2015-08-16 11:45:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

linxiuna

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
水的密度用我们的仪器测出来是0.99704

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下 回复此楼
2楼2015-08-16 21:22:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
你的是水溶液，是无序结构，盒子里的水分子当然不能是1
我感觉水盒子一般要包含50个以上水分子
赞一下(1人) 回复此楼
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
3楼2015-08-17 08:18:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
1个水分子，也只有你做的出来这事
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2015-08-17 08:31:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuqufan

木虫 (著名写手)
问题已解决。尝试了一晚上，尝试了各种压力下，得到的密度值，均为1.2左右，表明与压力无关。增加了水分子的个数，将水分子调成100%，盒子尺寸为14.4A*14.4A*14.4A（已知一个水分子的体积为30A，算起来这个盒子好像也不大对），水分子个数未计，但目测好像没有50个（个人也不知道怎么查看水分子个数）。这次计算的值与文献较一致，但计算时长明显加长，要8个小时。以后计算用的分子数目也要注意。
希望各位看贴的人回答完我的问题。另外盒子中水分子的个数怎么看？
赞一下 回复此楼
5楼2015-08-17 09:48:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuqufan

木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by pigrass at 2015-08-17 08:18:23
你的是水溶液，是无序结构，盒子里的水分子当然不能是1
我感觉水盒子一般要包含50个以上水分子

问题已解决。尝试了一晚上，尝试了各种压力下，得到的密度值，均为1.2左右，表明与压力无关。增加了水分子的个数，将水分子调成100%，盒子尺寸为14.4A*14.4A*14.4A（已知一个水分子的体积为30A，算起来这个盒子好像也不大对），水分子个数未计，但目测好像没有50个（个人也不知道怎么查看水分子个数）。这次计算的值与文献较一致，但计算时长明显加长，要8个小时。以后计算用的分子数目也要注意。
希望各位看贴的人回答完我的问题。另外盒子中水分子的个数怎么看？
赞一下 回复此楼
6楼2015-08-17 09:49:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
6楼: Originally posted by yuqufan at 2015-08-17 09:49:15
问题已解决。尝试了一晚上，尝试了各种压力下，得到的密度值，均为1.2左右，表明与压力无关。增加了水分子的个数，将水分子调成100%，盒子尺寸为14.4A*14.4A*14.4A（已知一个水分子的体积为30A，算起来这个盒子好像 ...

有的问题没回答只是因为没做过，不能给确定的答案

查看水分子数目是看properties explorer——symmetry system，看多少O原子
赞一下(1人) 回复此楼
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
7楼2015-08-17 10:00:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuqufan

木虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by pigrass at 2015-08-17 10:00:52
有的问题没回答只是因为没做过，不能给确定的答案

查看水分子数目是看properties explorer——symmetry system，看多少O原子...

共有300个原子，100个水分子，另想请较下，为什么是在0.1GPa的压力下水的密度才为1.0左右，该压力与实际大气压严重不符。什么原因呢？
赞一下 回复此楼
8楼2015-08-17 10:28:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Rodney刘

新虫 (初入文坛)
请问这篇参考文献能不能分享一下啊？
赞一下 回复此楼
9楼2018-10-25 22:07:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Rodney刘

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by yuqufan at 2015-08-17 10:28:59
共有300个原子，100个水分子，另想请较下，为什么是在0.1GPa的压力下水的密度才为1.0左右，该压力与实际大气压严重不符。什么原因呢？...

楼主能不能分享一下参考文献啊/
赞一下 回复此楼
10楼2018-10-25 22:08:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 yuqufan 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 085600材料与化工306 +4 z1z2z3879 2026-03-21 4/200 2026-03-21 23:44 by ms629
[考研] 286求调剂 +10 Faune 2026-03-21 10/500 2026-03-21 23:34 by 314126402
[考研] 资源与环境 调剂申请(333分) +5 holy J 2026-03-21 5/250 2026-03-21 22:42 by Catalysis25
[考研] 269专硕求调剂 +5 金恩贝 2026-03-21 5/250 2026-03-21 22:37 by zhyzzh
[考研] 广西大学材料导师推荐 +3 夏夏夏小正 2026-03-17 5/250 2026-03-21 22:20 by 金昊ML
[基金申请] 学校已经提交到NSFC，还能修改吗？ 40+4 babangida 2026-03-19 9/450 2026-03-21 16:12 by babangida
[考研] 279分求调剂 一志愿211 +14 chaojifeixia 2026-03-19 15/750 2026-03-21 13:24 by zhukairuo
[考研] 330求调剂0854 +3 assdll 2026-03-21 3/150 2026-03-21 13:01 by 搏击518
[考研] 306求调剂 +4 chuanzhu川烛 2026-03-18 4/200 2026-03-21 08:25 by laoshidan
[考研] 求调剂 +6 Mqqqqqq 2026-03-19 6/300 2026-03-21 08:04 by JourneyLucky
[考研] 307求调剂 +3 wyyyqx 2026-03-17 3/150 2026-03-21 03:20 by JourneyLucky
[考研] 304求调剂 +7 司空. 2026-03-18 7/350 2026-03-20 23:08 by JourneyLucky
[考研] 295材料求调剂，一志愿武汉理工085601专硕 +5 Charlieyq 2026-03-19 5/250 2026-03-20 20:35 by JourneyLucky
[考研] 319求调剂 +3 小力气珂珂 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:47 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +3 @taotao 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:35 by JourneyLucky
[考研] 085410人工智能专硕317求调剂（0854都可以） +4 xbxudjdn 2026-03-18 4/200 2026-03-20 09:07 by 不168
[考研] 材料与化工求调剂 +7 为学666 2026-03-16 7/350 2026-03-19 14:48 by 尽舜尧1
[考研] 0703化学调剂 +5 pupcoco 2026-03-17 8/400 2026-03-19 13:58 by houyaoxu
[考研] 材料专硕306英一数二 +10 z1z2z3879 2026-03-16 13/650 2026-03-18 14:20 by 007_lilei
[考研] 334求调剂 +3 志存高远意在机� 2026-03-16 3/150 2026-03-18 08:34 by lm4875102
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭