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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 以下步骤正确吗？用Materials studio求水的内聚能密度？
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yuqufan

木虫 (著名写手)

[求助] 以下步骤正确吗？用Materials studio求水的内聚能密度？ 已有1人参与

1画好水分子，点击Modules菜单下Amorphous Cell—Calculation。
2.Setup选项卡中Composition中Molecular中选中结构优化后的H2O.xsd文件，Loading为1，会自动生成盒子的大小。（1个水分子是否合适？）  
3.对AC盒子进行Anneal NVT平衡。
4.Anneal退火。
5.NVT、NPT平衡：NVT、NPT交替跑了5次。
6.NPT跑生产。100帧图。（10ns 100帧图是不是少了点啊？）
7.计算内聚能密度。
但为什么计算出来水的密度为1.2左右，后来调节NPT的压力为0.0001GPa（1个大气压），计算出水的密度仍然是1.2左右？请给予指点！
该步骤有无问题。最好是有高手能将计算的正确过程能详细贴出来。
文献的参数如图中：

以下步骤正确吗？用Materials studio求水的内聚能密度？
1.JPG


以下步骤正确吗？用Materials studio求水的内聚能密度？-1
2.JPG
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1楼 2015-08-16 11:45:15
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linxiuna

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
水的密度用我们的仪器测出来是0.99704

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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2楼2015-08-16 21:22:10
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
你的是水溶液，是无序结构，盒子里的水分子当然不能是1
我感觉水盒子一般要包含50个以上水分子
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
3楼2015-08-17 08:18:23
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
1个水分子，也只有你做的出来这事
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4楼2015-08-17 08:31:40
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yuqufan

木虫 (著名写手)
问题已解决。尝试了一晚上，尝试了各种压力下，得到的密度值，均为1.2左右，表明与压力无关。增加了水分子的个数，将水分子调成100%，盒子尺寸为14.4A*14.4A*14.4A（已知一个水分子的体积为30A，算起来这个盒子好像也不大对），水分子个数未计，但目测好像没有50个（个人也不知道怎么查看水分子个数）。这次计算的值与文献较一致，但计算时长明显加长，要8个小时。以后计算用的分子数目也要注意。
希望各位看贴的人回答完我的问题。另外盒子中水分子的个数怎么看？
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5楼2015-08-17 09:48:44
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yuqufan

木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by pigrass at 2015-08-17 08:18:23
你的是水溶液，是无序结构，盒子里的水分子当然不能是1
我感觉水盒子一般要包含50个以上水分子

问题已解决。尝试了一晚上，尝试了各种压力下，得到的密度值，均为1.2左右，表明与压力无关。增加了水分子的个数，将水分子调成100%，盒子尺寸为14.4A*14.4A*14.4A（已知一个水分子的体积为30A，算起来这个盒子好像也不大对），水分子个数未计，但目测好像没有50个（个人也不知道怎么查看水分子个数）。这次计算的值与文献较一致，但计算时长明显加长，要8个小时。以后计算用的分子数目也要注意。
希望各位看贴的人回答完我的问题。另外盒子中水分子的个数怎么看？
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6楼2015-08-17 09:49:15
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
6楼: Originally posted by yuqufan at 2015-08-17 09:49:15
问题已解决。尝试了一晚上，尝试了各种压力下，得到的密度值，均为1.2左右，表明与压力无关。增加了水分子的个数，将水分子调成100%，盒子尺寸为14.4A*14.4A*14.4A（已知一个水分子的体积为30A，算起来这个盒子好像 ...

有的问题没回答只是因为没做过，不能给确定的答案

查看水分子数目是看properties explorer——symmetry system，看多少O原子
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
7楼2015-08-17 10:00:52
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yuqufan

木虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by pigrass at 2015-08-17 10:00:52
有的问题没回答只是因为没做过，不能给确定的答案

查看水分子数目是看properties explorer——symmetry system，看多少O原子...

共有300个原子，100个水分子，另想请较下，为什么是在0.1GPa的压力下水的密度才为1.0左右，该压力与实际大气压严重不符。什么原因呢？
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8楼2015-08-17 10:28:59
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Rodney刘

新虫 (初入文坛)
请问这篇参考文献能不能分享一下啊？
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9楼2018-10-25 22:07:52
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Rodney刘

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by yuqufan at 2015-08-17 10:28:59
共有300个原子，100个水分子，另想请较下，为什么是在0.1GPa的压力下水的密度才为1.0左右，该压力与实际大气压严重不符。什么原因呢？...

楼主能不能分享一下参考文献啊/
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10楼2018-10-25 22:08:38
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