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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 分子动力学模拟中的重现性问题
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suibingkuai

铜虫 (初入文坛)

[求助] 分子动力学模拟中的重现性问题 已有2人参与

我在用NAMD模拟一个蛋白时，发现了它的某个conformation transition，据文献，这个conformation transition如果采用unbiased MD，需要microsecond ~ millisecond 级别的时间才能采集到。我做的是200 ns的MD，也许是运气太好了？
为了重现几次，增加说服力，我采用同样的体系，稍稍改变初始条件，重复做了6次也未能得到类似的结果。
请教大家，这种情况常见吗？如果仅仅用这一条轨迹来发paper，审稿人会不会质疑？
谢谢

P.S. 有人建议采用跟原来完全相同的参数（包括random seed）进行重复运算。但不知这样做有意义吗？是否会跑出跟原来一模一样的轨迹？
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1楼 2015-08-15 10:29:17
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suibingkuai

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by chuntao118 at 2015-08-15 11:47:41
因为在MD 模拟是会出现类似的情况，但是你要确定要明确你研究的意义，同时要能够在相同条件下重现你的有意义的结果（在误差范围内），因为MD 模拟的稳定条件，边界条件，随机数等都会对模拟的结果有些许的影响。但是 ...

但是你的结果必须要在等同条件能够重现！否则就不对。
------
是说 一切条件不变（随机数种子也相同）的情况下重现吗？
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3楼2015-08-15 15:51:15
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chuntao118

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
suibingkuai(月只蓝代发): 金币+3, 鼓励交流 2015-08-15 18:22:56
因为在MD 模拟是会出现类似的情况，但是你要确定要明确你研究的意义，同时要能够在相同条件下重现你的有意义的结果（在误差范围内），因为MD 模拟的稳定条件，边界条件，随机数等都会对模拟的结果有些许的影响。但是你的结果必须要在等同条件能够重现！否则就不对。至于你说的模拟时间比较短，个人观点：1、要保证同等条件结果可以重现，2、要明确你模拟的稳定条件的选择，3、最好能够实现在相似条件下有类似的结论，4、给出合理有意义的物理机理解释，5、当然要是有实验结果比较也行，写文章关键是要创新点要明确！
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2楼2015-08-15 11:47:41
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chuntao118

新虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by suibingkuai at 2015-08-15 15:51:15
但是你的结果必须要在等同条件能够重现！否则就不对。
------
是说 一切条件不变（随机数种子也相同）的情况下重现吗？...

随机数种子不必要相同，
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4楼2015-08-15 19:12:27
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sciencejoy

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
suibingkuai: 金币+3, ★★★很有帮助 2015-08-16 23:26:17
引用回帖:
3楼: Originally posted by suibingkuai at 2015-08-15 15:51:15
但是你的结果必须要在等同条件能够重现！否则就不对。
------
是说 一切条件不变（随机数种子也相同）的情况下重现吗？...

把所有的参数都设置成一样，当然会重现。但是，这种重现没意义。你要做重现，不仅随机数种子不一样，还要改初始构象。
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5楼2015-08-16 17:09:25
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