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suibingkuai铜虫 (初入文坛)
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分子动力学模拟中的重现性问题 已有2人参与
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我在用NAMD模拟一个蛋白时，发现了它的某个conformation transition，据文献，这个conformation transition如果采用unbiased MD，需要microsecond ~ millisecond 级别的时间才能采集到。我做的是200 ns的MD，也许是运气太好了？ 为了重现几次，增加说服力，我采用同样的体系，稍稍改变初始条件，重复做了6次也未能得到类似的结果。 请教大家，这种情况常见吗？如果仅仅用这一条轨迹来发paper，审稿人会不会质疑？ 谢谢 P.S. 有人建议采用跟原来完全相同的参数（包括random seed）进行重复运算。但不知这样做有意义吗？是否会跑出跟原来一模一样的轨迹？ |
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sciencejoy
新虫 (著名写手)
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5楼2015-08-16 17:09:25