应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » Dmol3优化周期结构，如何实现离域内坐标？
51/1返回列表
查看: 1276  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

daixing2011

铜虫 (初入文坛)

[求助] Dmol3优化周期结构，如何实现离域内坐标？

看MS说明书，以及网上的讨论，Dmol3用离域内坐标优化(delocalized internal coordinate)，效率超级快。

但手册上的例子，只是在MS面板上设置任务等等，并没有体现出哪里设置了离域内坐标。

测试了几个手册中的关键词，如Opt_Del_Test, Opt_Bend_Lin,也都无效，程序提示输入错误。


请问，Dmol在周期性优化中怎样实现离域内坐标，还是默认就已经是了？不像吧，输出文件中都是笛卡尔坐标。

另外，做表面吸附的研究，物理吸附，适合用离域内坐标么。

Thanks in advance
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2015-08-11 10:48:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
5楼: Originally posted by daixing2011 at 2015-08-15 20:31:43
感谢您再次回复。

您指的“扫描”，是否是逐个做单点能，比如X=Y=10，X=Y=10.5，.....，这样，然后要一个能量最低的？

dmol3优化一个周期表面，我这里一直都出现这样的情况：
opt==  Cycle    Total Energy ...

对，而且每一步都要进行非opt cell的geom opt，如果两个边长不相等或是夹角不确定，这个做起来就相当复杂了。

第一步的delta其实没啥意义（第0步的能量从何而来？），估计一般判定第一步如果有两个任意指标收敛就算是收敛了。
赞一下 回复此楼
不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
6楼2015-08-15 21:14:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答

卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
默认是采用离域内坐标，但有些体系并不是这样，个人测试有些体系直角坐标反而比较快，甚至需要追加GDIIS。

物理吸附最好考虑一下DFT-D（建议Grimme06）
赞一下(1人) 回复此楼
不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
2楼2015-08-14 03:38:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

daixing2011

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2015-08-14 03:38:08
默认是采用离域内坐标，但有些体系并不是这样，个人测试有些体系直角坐标反而比较快，甚至需要追加GDIIS。

物理吸附最好考虑一下DFT-D（建议Grimme06）

感谢回复！

仔细读了输出文件，确实默认就是离域内坐标。

同时发现一个问题，dmol好像不能固定晶格Z轴，只优化XY。如果您知道请指点。

已经考虑了dft-d   grimme色散，感谢提醒。

请您点应助，要不给不了金币，别嫌少，心意一下，哈哈。
赞一下 回复此楼
3楼2015-08-15 01:41:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
3楼: Originally posted by daixing2011 at 2015-08-15 01:41:46
感谢回复！

仔细读了输出文件，确实默认就是离域内坐标。

同时发现一个问题，dmol好像不能固定晶格Z轴，只优化XY。如果您知道请指点。

已经考虑了dft-d   grimme色散，感谢提醒。

请您点应助，要不给不 ...

DMol3本身优化晶格也不准，建议不要那样做，可以的话可以对XY方向晶格常数“扫描”一下。
赞一下(1人) 回复此楼
不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
4楼2015-08-15 01:46:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 调剂 +4 13853210211 2026-03-24 4/200 2026-03-24 19:44 by ms629
[考研] 306求0703调剂一志愿华中师范 +10 纸鱼ly 2026-03-21 11/550 2026-03-24 17:22 by qingfeng258
[考研] 070300化学求调剂 +9 苑豆豆 2026-03-20 9/450 2026-03-24 17:15 by licg0208
[考研] 299求调剂 +7 某某某某位 2026-03-21 7/350 2026-03-24 15:24 by cuifj
[考研] 305分求调剂（食品工程） +5 Sxy112 2026-03-21 7/350 2026-03-24 12:27 by 544594351
[考研] 一志愿华东理工大学081700，初试分数271 +5 kotoko_ik 2026-03-23 6/300 2026-03-24 10:29 by 学术搬砖er
[考研] 材料专业求调剂 +11 hanamiko 2026-03-18 11/550 2026-03-23 23:12 by peike
[考研] 一志愿西安交通大学材料工程专业 282分求调剂 +11 枫桥ZL 2026-03-18 13/650 2026-03-22 20:26 by edmund7
[考研] 315分，诚求调剂，材料与化工085600 +3 13756423260 2026-03-22 3/150 2026-03-22 20:11 by edmund7
[考研] 寻找调剂 +4 倔强芒? 2026-03-21 4/200 2026-03-22 16:14 by 木托莫露露
[考研] 269专硕求调剂 +6 金恩贝 2026-03-21 6/300 2026-03-22 14:31 by ColorlessPI
[考研] 303求调剂 +5 安忆灵 2026-03-22 6/300 2026-03-22 12:46 by 素颜倾城1988
[考研] 313求调剂 +4 肆叁贰壹22 2026-03-19 4/200 2026-03-21 17:33 by ColorlessPI
[考研] 336求调剂 +5 rmc8866 2026-03-21 5/250 2026-03-21 17:24 by 学员8dgXkO
[考研] 299求调剂 +5 shxchem 2026-03-20 7/350 2026-03-21 17:09 by ColorlessPI
[考研] 295求调剂 +4 一志愿京区211 2026-03-18 6/300 2026-03-20 23:41 by JourneyLucky
[考研] 中南大学化学学硕337求调剂 +3 niko- 2026-03-19 6/300 2026-03-20 21:58 by luoyongfeng
[考研] A区线材料学调剂 +5 周周无极 2026-03-20 5/250 2026-03-20 21:33 by laoshidan
[考研] 一志愿 南京航空航天大学大学 ，080500材料科学与工程学硕 +5 @taotao 2026-03-20 5/250 2026-03-20 20:16 by JourneyLucky
[考研] 材料学硕318求调剂 +5 February_Feb 2026-03-19 5/250 2026-03-19 23:51 by 23Postgrad
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭