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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » Dmol3优化周期结构，如何实现离域内坐标？
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daixing2011

铜虫 (初入文坛)

[求助] Dmol3优化周期结构，如何实现离域内坐标？

看MS说明书，以及网上的讨论，Dmol3用离域内坐标优化(delocalized internal coordinate)，效率超级快。

但手册上的例子，只是在MS面板上设置任务等等，并没有体现出哪里设置了离域内坐标。

测试了几个手册中的关键词，如Opt_Del_Test, Opt_Bend_Lin,也都无效，程序提示输入错误。


请问，Dmol在周期性优化中怎样实现离域内坐标，还是默认就已经是了？不像吧，输出文件中都是笛卡尔坐标。

另外，做表面吸附的研究，物理吸附，适合用离域内坐标么。

Thanks in advance
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1楼 2015-08-11 10:48:51
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
5楼: Originally posted by daixing2011 at 2015-08-15 20:31:43
感谢您再次回复。

您指的“扫描”，是否是逐个做单点能，比如X=Y=10，X=Y=10.5，.....，这样，然后要一个能量最低的？

dmol3优化一个周期表面，我这里一直都出现这样的情况：
opt==  Cycle    Total Energy ...

对，而且每一步都要进行非opt cell的geom opt，如果两个边长不相等或是夹角不确定，这个做起来就相当复杂了。

第一步的delta其实没啥意义（第0步的能量从何而来？），估计一般判定第一步如果有两个任意指标收敛就算是收敛了。
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6楼2015-08-15 21:14:41
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
默认是采用离域内坐标，但有些体系并不是这样，个人测试有些体系直角坐标反而比较快，甚至需要追加GDIIS。

物理吸附最好考虑一下DFT-D（建议Grimme06）
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不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
2楼2015-08-14 03:38:08
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daixing2011

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2015-08-14 03:38:08
默认是采用离域内坐标，但有些体系并不是这样，个人测试有些体系直角坐标反而比较快，甚至需要追加GDIIS。

物理吸附最好考虑一下DFT-D（建议Grimme06）

感谢回复！

仔细读了输出文件，确实默认就是离域内坐标。

同时发现一个问题，dmol好像不能固定晶格Z轴，只优化XY。如果您知道请指点。

已经考虑了dft-d   grimme色散，感谢提醒。

请您点应助，要不给不了金币，别嫌少，心意一下，哈哈。
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3楼2015-08-15 01:41:46
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
3楼: Originally posted by daixing2011 at 2015-08-15 01:41:46
感谢回复！

仔细读了输出文件，确实默认就是离域内坐标。

同时发现一个问题，dmol好像不能固定晶格Z轴，只优化XY。如果您知道请指点。

已经考虑了dft-d   grimme色散，感谢提醒。

请您点应助，要不给不 ...

DMol3本身优化晶格也不准，建议不要那样做，可以的话可以对XY方向晶格常数“扫描”一下。
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4楼2015-08-15 01:46:08
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