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daixing2011

铜虫 (初入文坛)

[求助] Dmol3优化周期结构,如何实现离域内坐标?

看MS说明书,以及网上的讨论,Dmol3用离域内坐标优化(delocalized internal coordinate),效率超级快。

但手册上的例子,只是在MS面板上设置任务等等,并没有体现出哪里设置了离域内坐标。

测试了几个手册中的关键词,如Opt_Del_Test, Opt_Bend_Lin,也都无效,程序提示输入错误。


请问,Dmol在周期性优化中怎样实现离域内坐标,还是默认就已经是了?不像吧,输出文件中都是笛卡尔坐标。

另外,做表面吸附的研究,物理吸附,适合用离域内坐标么。

Thanks in advance
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

默认是采用离域内坐标,但有些体系并不是这样,个人测试有些体系直角坐标反而比较快,甚至需要追加GDIIS。

物理吸附最好考虑一下DFT-D(建议Grimme06)
不一定挂在论坛,计算问题问题欢迎留言。
2楼2015-08-14 03:38:08
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daixing2011

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2015-08-14 03:38:08
默认是采用离域内坐标,但有些体系并不是这样,个人测试有些体系直角坐标反而比较快,甚至需要追加GDIIS。

物理吸附最好考虑一下DFT-D(建议Grimme06)

感谢回复!

仔细读了输出文件,确实默认就是离域内坐标。

同时发现一个问题,dmol好像不能固定晶格Z轴,只优化XY。如果您知道请指点。

已经考虑了dft-d   grimme色散,感谢提醒。

请您点应助,要不给不了金币,别嫌少,心意一下,哈哈。
3楼2015-08-15 01:41:46
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

引用回帖:
3楼: Originally posted by daixing2011 at 2015-08-15 01:41:46
感谢回复!

仔细读了输出文件,确实默认就是离域内坐标。

同时发现一个问题,dmol好像不能固定晶格Z轴,只优化XY。如果您知道请指点。

已经考虑了dft-d   grimme色散,感谢提醒。

请您点应助,要不给不 ...

DMol3本身优化晶格也不准,建议不要那样做,可以的话可以对XY方向晶格常数“扫描”一下。
不一定挂在论坛,计算问题问题欢迎留言。
4楼2015-08-15 01:46:08
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daixing2011

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 卡开发发 at 2015-08-15 01:46:08
DMol3本身优化晶格也不准,建议不要那样做,可以的话可以对XY方向晶格常数“扫描”一下。...

感谢您再次回复。

您指的“扫描”,是否是逐个做单点能,比如X=Y=10,X=Y=10.5,.....,这样,然后要一个能量最低的?

dmol3优化一个周期表面,我这里一直都出现这样的情况:
opt==  Cycle    Total Energy   Energy change   Max Gradient   Max Displacement
opt==      tolerance:.......      0.0000100        0.001058       0.009449
opt==    1    -32105.2859592      0.0000000        0.000066       0.000089


                      Step    1                                       <-- DELOC
                                                                      <-- DELOC
+-----------+-----------------+-----------------+------------+-----+ <-- DELOC
| Parameter |      value      |    tolerance    |    units   | OK? | <-- DELOC
+-----------+-----------------+-----------------+------------+-----+ <-- DELOC
|  delta E  |   -0.204437E+02 |    0.100000E-04 |      Ha    | No  | <-- DELOC
|  |F|max   |    0.660822E-04 |    0.105835E-02 |      au    | Yes | <-- DELOC
|  |dR|max  |    0.889212E-04 |    0.944863E-02 |      au    | Yes | <-- DELOC
+-----------+-----------------+-----------------+------------+-----+ <-- DELOC

  Geometry optimization completed successfully in    1 steps.


然后就正常结束了。
很奇怪,delta E 并没有收敛,这是不是几何结构收敛了但晶格没有收敛?为什么还能正常结束呢。

请指点,多谢。
5楼2015-08-15 20:31:43
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卡开发发

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引用回帖:
5楼: Originally posted by daixing2011 at 2015-08-15 20:31:43
感谢您再次回复。

您指的“扫描”,是否是逐个做单点能,比如X=Y=10,X=Y=10.5,.....,这样,然后要一个能量最低的?

dmol3优化一个周期表面,我这里一直都出现这样的情况:
opt==  Cycle    Total Energy ...

对,而且每一步都要进行非opt cell的geom opt,如果两个边长不相等或是夹角不确定,这个做起来就相当复杂了。

第一步的delta其实没啥意义(第0步的能量从何而来?),估计一般判定第一步如果有两个任意指标收敛就算是收敛了。
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6楼2015-08-15 21:14:41
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