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speedking

木虫 (正式写手)

[求助] 建系统发育树出现问题，请大虾们进来看看！！ 已有1人参与

小弟是用MEGA6.0建N-J系统发育树，我知道将序列放进软件比对后将两端截齐，可我这怎么截啊，前端和中间出现那么多缺失部分，那个用删除吗？下面3张图分别是前端、中间、尾部的截图，大家有没遇到过类似的问题，是什么原因，该怎么解决呢？另外，发文章时用Original tree还是Bootstrap consensus tree？在此先谢谢了！！

建系统发育树出现问题，请大虾们进来看看！！
前端.png


建系统发育树出现问题，请大虾们进来看看！！-1
尾部.png


建系统发育树出现问题，请大虾们进来看看！！-2
中间.png
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人生总会累的，现在不累，以后会更累！
1楼 2015-08-07 14:05:11
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sherry_wang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 夕曼 at 2016-03-28 21:23:36
借楼咨询下，为什么我用clustal x是老是显示conflicting sequence names:uncltured;names must be unique，根目录，文件名什么的都改成英文了

请问你解决了么 我也遇到了同样的问题
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6楼2016-11-29 09:10:52
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远望集团

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
出现缺失部分是因为个别序列在那个位置有碱基而其他大部分序列在那个位置没有碱基。
如果你要截去两端部分，一般得用序列编辑软件才行，直接在这里面是不行的。至于中间空位的问题，你是先用clustal 比对的吗，编辑里面有选择去除gaps的功能。然后保存比对结果，用MEGA打开。
另外，Original tree和Bootstrap consensus tree在文章中都有出现，一般是前者加注可信度值就行。
赞一下(3人) 回复此楼
只要努力，一切皆有可能！更美的风景在那片更高的天空。。。
2楼2015-08-08 10:17:43
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speedking

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 远望集团 at 2015-08-08 10:17:43
出现缺失部分是因为个别序列在那个位置有碱基而其他大部分序列在那个位置没有碱基。
如果你要截去两端部分，一般得用序列编辑软件才行，直接在这里面是不行的。至于中间空位的问题，你是先用clustal 比对的吗，编辑 ...

我是直接用MEGA软件里的比对功能，比对完了就是我图中出现的结果。那我需要下载个clustal软件来比对并去除gaps吗？
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人生总会累的，现在不累，以后会更累！
3楼2015-08-08 11:59:35
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夕曼

新虫 (初入文坛)
借楼咨询下，为什么我用clustal x是老是显示conflicting sequence names:uncltured;names must be unique，根目录，文件名什么的都改成英文了
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5楼2016-03-28 21:23:36
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