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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps并行版安装问题！cannot find -lfftw是个什么鬼？求教大神... 我快要哭死了...
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bbemajj828

铜虫 (初入文坛)

[求助] lammps并行版安装问题！cannot find -lfftw是个什么鬼？求教大神... 我快要哭死了... 已有4人参与

昨天和今天折腾了两天，试着安装lammps的并行版，按照网上的好几个教程都走了一遍，每次都是到最后一步make g++的时候出问题。请教大神，这个问题该怎么弄？
/usr/bin/ld: cannot find -lfftw
collect2: error: ld returned 1 exit status
make[1]: *** [../lmp_g++] Error 1
make[1]: Leaving directory `/mnt/lammps-30Sep13/src/Obj_g++'
make: *** [g++] Error 2
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1楼 2015-08-04 13:55:47
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

gqs8822837

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

1. 安装fftw3:
(1) 去fftw官网下载最新的tarball (e.g. fftw-3.3.8.tar.gz)
(2) 解压fftw的tarball   (e.g. sudo tar -xzvf fftw-3.3.8.tar.gz)
(3) 进入已解压后的文件夹进行配置: "./configure --prefix=XXX --enable-float --enable-mpi --enable-shared=yes", 其中的XXX就是你想要安装fftw3的路径，我没有选择默认的路径，而是先在/home/<我的用户名>/下创建了一个mysoft的文件夹，在mysoft里面又创建了一个fftw3的文件夹，所以我的配置是"./configure --prefix=/home/<我的用户名>/mysoft/fftw3 --enable-float --enable-mpi --enable-shared=yes"
(4) sudo make -j 8
(5) sudo make install
(6) 进入/home/<我的用户名>/mysoft/fftw3中查看是不是产生了bin include lib share文件夹

2. 安装OpenMPI:
(1) 去OpenMPI官网下载最新的tarball (e.g. openmpi-3.1.2.tar.gz)
(2) 解压OpenMPI的tarball   (e.g. sudo tar -xzvf openmpi-3.1.2.tar.gz)
(3) 进入已解压后的文件夹进行配置: "./configure --prefix=/home/<我的用户名>/mysoft/openmpi", 跟刚才一样，先在mysoft中创建好openmpi文件夹
(4) sudo make -j 8
(5) sudo make install
(6) 进入/home/<我的用户名>/mysoft/openmpi中查看是不是产生了bin include lib文件夹

3. 安装lammps:
(1) 用git下载lammps: sudo git clone -b stable https://github.com/lammps/lammps.git /home/<我的用户名>/mysoft/lammps
(2) 进入lammps/src中，sudo make package-status，sudo make yes-<package name>
(3) 进入lammps/src/STUBS中，sudo make
(4) 从/src/MAKE/MACHINES中拷贝Makefile.ubuntu:
sudo cp /home/<我的用户名>/mysoft/lammps/src/MAKE/MACHINES/Makefile.ubuntu /home/<我的用户名>/mysoft/lammps/src/MAKE/
(5) 修改MAKE文件: sudo vim /home/<我的用户名>/mysoft/lammps/src/MAKE/Makefile.ubuntu，对照下面内容进行更改,
"FFT_INC =       -DFFT_FFTW3 -I/home/<我的用户名>/mysoft/fftw3/include "
"FFT_PATH =      -L/home/<我的用户名>/mysoft/fftw3/lib                 "
"FFT_LIB =       -lfftw3                          "

"MPI_INC =       -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1 -I/home/<我的用户名>/mysoft/openmpi/include"
"MPI_PATH =         -L/home/<我的用户名>/mysoft/openmpi/lib"
"MPI_LIB =        -lmpi -lmpi_cxx"
(6) 回到lammps/src文件夹中，sudo make -j8 ubuntu
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Be Better &amp;amp; Be Smarter!
8楼2018-09-20 09:39:10
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普通回帖

0xiaobao

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
找不到fftw库文件，需要指定fftw库的路径
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2楼2015-08-04 22:13:01
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甲子

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
需要先安装fft包
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3楼2015-08-05 15:03:06
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bbemajj828

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 0xiaobao at 2015-08-04 22:13:01
找不到fftw库文件，需要指定fftw库的路径

你好，谢谢你的回复，我追问一下，我在安装lammps之前已经安装好了fftw文件呀，那么这个fftw的库的路径应该在哪里指定呢？
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4楼2015-08-13 21:50:46
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bbemajj828

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 甲子 at 2015-08-05 15:03:06
需要先安装fft包

谢谢你的回复，问题是我已经提前安装了fftw包，现在提示找不到，我也不知道在哪里指定路径呢~这里不是提示说/usr/bin/ld: cannot find -lfftw吗？也就是说在/usr/bin/ld路径下找不到fftw库，那么你们安装完fftw后在这个路径下有这个库吗？
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5楼2015-08-13 21:52:10
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alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by bbemajj828 at 2015-08-13 07:52:10
谢谢你的回复，问题是我已经提前安装了fftw包，现在提示找不到，我也不知道在哪里指定路径呢~这里不是提示说/usr/bin/ld: cannot find -lfftw吗？也就是说在/usr/bin/ld路径下找不到fftw库，那么你们安装完fftw后在 ...

打开src/MAKE/Makefile.g++
在其中找到关键字FFT_INC 和 FFT_LIB
在FFT_INC中给你fftw的头文件路径，比如
FFT_INC = -I YOUR/PATH/TO/FFTW/INCLUDE
在FFT_LIB 中添加fftw的库路径，比如
FFT_INC = -L YOUR/PATH/TO/FFTW/LIBRARY
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6楼2015-08-13 23:46:52
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sbkk

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by alundilong at 2015-08-13 23:46:52
打开src/MAKE/Makefile.g++
在其中找到关键字FFT_INC 和 FFT_LIB
在FFT_INC中给你fftw的头文件路径，比如
FFT_INC = -I YOUR/PATH/TO/FFTW/INCLUDE
在FFT_LIB 中添加fftw的库路径，比如
FFT_INC = -L YOUR/PA ...

您好，在这篇介绍安装lammps
2018版lammps安装教程（小白专用）
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=12313102&target=1
这里面直接在usr/local安装fftw和mpich，结果按照这篇帖子里面写的内容

/lammps/src/MAKE/MACHINES文件下将Makefile.ubuntu剪切到/lammps/src/MAKE文件夹下

sudo make ubuntu j4

编译失败

/usr/bin/x86_64-linux-gnu-ld: cannot find -lfftw3
collect2: error: ld returned 1 exit status
Makefile:93: recipe for target '../lmp_ubuntu' failed
make[1]: *** [../lmp_ubuntu] Error 1
make[1]: Leaving directory '/home/xxx/lammps/src/Obj_ubuntu'
Makefile:175: recipe for target 'ubuntu' failed
make: *** [ubuntu] Error 2

怎么办？？是修改路径么？
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路能走多远，在于事先准备的有多好。不要看到希望而坚持，只有坚持才会看到希望。
7楼2018-09-19 23:14:52
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sbkk

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by gqs8822837 at 2018-09-20 09:39:10
1. 安装fftw3:
(1) 去fftw官网下载最新的tarball (e.g. fftw-3.3.8.tar.gz)
(2) 解压fftw的tarball   (e.g. sudo tar -xzvf fftw-3.3.8.tar.gz)
(3) 进入已解压后的文件夹进行配置: &quot;./configure --pre ...

您好，按照您的方法执行到最后一步报错

~/mysoft/lammps/src$ sudo make ubuntu -j8


make[1]: Entering directory '/home/bit538/mysoft/lammps/src'
make[1]: 'lmpinstalledpkgs.h' is up to date.
make[1]: Leaving directory '/home/bit538/mysoft/lammps/src'
Compiling LAMMPS for machine ubuntu
make[1]: Entering directory '/home/bit538/mysoft/lammps/src/Obj_ubuntu'
../../lib/quip/Makefile.lammps:17: *** Environment or make variable QUIP_ROOT must be set..  Stop.
make[1]: Leaving directory '/home/bit538/mysoft/lammps/src/Obj_ubuntu'
make[1]: Entering directory '/home/bit538/mysoft/lammps/src/Obj_ubuntu'
../../lib/quip/Makefile.lammps:17: *** Environment or make variable QUIP_ROOT must be set..  Stop.
make[1]: Leaving directory '/home/bit538/mysoft/lammps/src/Obj_ubuntu'
Makefile:175: recipe for target 'ubuntu' failed
make: *** [ubuntu] Error 2
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路能走多远，在于事先准备的有多好。不要看到希望而坚持，只有坚持才会看到希望。
9楼2018-09-21 16:11:10
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yichangli

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by sbkk at 2018-09-19 23:14:52
您好，在这篇介绍安装lammps
2018版lammps安装教程（小白专用）
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=12313102&amp;target=1
这里面直接在usr/local安装fftw和mpich，结果按照这篇帖子里面写的内容
...

你好，是在 /lammps/src 目录下 输入 sudo make mpi -j4 哦

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工科研究生，工程热物理
10楼2018-10-04 00:46:09
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