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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 2018版lammps安装教程（小白专用）
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yichangli

新虫 (初入文坛)

[交流] 2018版lammps安装教程（小白专用）已有11人参与

Ubuntu下安装单机并行lammps 2018版


网上前辈们写的帖子大多需要修改Makefile.g++文件，修改方式复杂且易出错，最新版的lammps已经不再提供此文件。从源头上弄清楚Makefile.ubuntu文件的意义，减少了对fftw和openmpi路径的修改，从而避免的犯错的重灾区。
笔者所用操作系统为Ubuntu16.04，Ubuntu下安装LAMMPS并行版需要安装必要的依赖包，（重复安装无影响）。
1.        sudo su （输入密码后继续）
2.        apt-get install gcc
3.        apt-get install g++
4.        apt-get install gfortran
准备安装包

fftw-3.3.7.tar.gz
lammps-stable.tar.gz  (解压后为lammps-16Mar18)
openmpi-3.0.0.tar.gz
选择fftw3和openmpi的原因是最新版lammps解压后/lammps/src/MAKE/MACHINES/Makefile.ubuntu中包含以下注释：
# ubuntu = Ubuntu Linux box, g++, openmpi, FFTW3
准备工作：在 /home 文件夹下建立三个文件夹，分别命名为 fftw，openmpi，lammps（可自定义），将相应安装包分别解压到这三个文件夹中，操作与Windows中无异（如果新装的ububtu中无法直接打开压缩包，可以使用 tar xvzf 命令，这个教程很简单，网上一大堆）。接下来就是安装fftw和openmpi。

1 安装fftw
在/lammps/src/MAKE/OPTIONS路径下有Makefile.fftw文件，通过查看以下内容可知lammps默认fftw调用路径为/usr/local，为了后续编译lammps方便，将fftw安装到此路径下。
FFT_INC =            -DFFT_FFTW3 -I/usr/local/include
FFT_PATH =      -L/usr/local/lib
FFT_LIB =        -lfftw3
输入指令：
1.        cd fftw
2.        sudo ./configure --prefix=/usr/local --enable-float
3.        sudo make -j4 （-j4 意为调用4核编译，具体核数看电脑情况）
4.        sudo make install
5.        cd

2 安装openmpi
在\lammps\src\MAKE\OPTIONS路径下有Makefile.g++_openmpi_link文件，通过查看以下内容可知lammps默认openmpi调用路径为/usr/local。
MPI_INC =       -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1 -I/usr/local/include
MPI_PATH =         -L/usr/local/lib
MPI_LIB =        -lmpi -lmpi_cxx
输入指令：
1.        cd openmpi
2.        sudo ./configure --prefix=/usr/local
3.        sudo make -j4 （-j4 意为调用4核编译，具体核数看电脑情况）
4.        sudo make install
5.        cd

3 安装lammps
/lammps/src/MAKE/MACHINES文件下将Makefile.ubuntu剪切到/lammps/src/MAKE文件夹下，这样该文件夹就包括Makefile.mpi、Makefile.serial、Makefile.ubuntu三个编译文件。打开Makefile.ubuntu文件，将划线部分删除。
LMP_INC =        -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_JPEG -DLAMMPS_PNG -DLAMMPS_FFMPEG
（由于lammps运行过程中不需要图片支持，因而将关于图片这几行删除）
JPG_INC =      
JPG_PATH =        
JPG_LIB = -ljpeg -lpng
不需要修改openmpi和fftw的路径文件，因为之前两步的安装已经为这一步打好了基础。修改完成后保存就行。
输入指令：
1.        cd
2.        cd lammps/src
3.        sudo make ubuntu -j4 （-j4 意为调用4核编译，具体核数看电脑情况）
成功的话会生成lmp_ubuntu(会有一个带锁的标志，在/lammps/src目录下)

4 测试一下
到lammps/examples/shear文件夹中，在in.shear文件中寻找下面这一行，并将前面的#删掉：
#dump       1 all atom 100 dump.shear
输入指令：
1.        cd lammps/examples/shear
2.         /usr/local/bin/mpirun -np 3 /home/yi/lammps/src/lmp_ubuntu < in.shear  
（路径自定义后需要修改路径；3是调用核心数，可自定义；yi是用户名，需自行修改；顺利的话可以生成dump.shear文件。）
如果认为每次需要写这么复杂的路径，可简化操作，需要设置环境变量，在桌面下打开终端输入gedit .bashrc，在最后面 fi 下面添加下面两行，
export  PATH=/usr/local /bin:$PATH
export  LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib:/home/**(用户名)/lammps/src:$LD_LIBRARY_PATH
右上角保存后终端输入命令source .bashrc即可。
此时若想运行lammps进行计算，指令可简化为：
1.        cd lammps/examples/shear
2.         mpirun -np 3 lmp_ubuntu < in.shear

5 使用VMD可视化
进入VMD网站，下载压缩包，根据要求注册完毕。我选的是1.93版本，照惯例先解压到自定义的vmd文件夹中，运行代码：
1.        cd vmd
2.        sudo ./configure LINUXAMD64
3.        cd src
4.        sudo make install –j4 （-j4 意为调用4核编译，具体核数看电脑情况）
安装成功以后直接在命令行里输入vmd就可以将程序调出来，选择New Molecule，然后导入我们之前计算得到的dump.shear文件，记得在Determine file type一栏选择LAMMPS trajectory选项，选择Load，得到剪切的构型，拖动main对话框下面的滑动条就可以看到体系的剪切行为，大功告成！

参考帖子：
[1] 64位ubuntu下安装单机并行lammp终极版，https://wenku.baidu.com/view/a6c3671ab90d6c85ec3ac6f8.html
[2] Ubuntu下LAMMPS的安装与测试，http://www.cnblogs.com/longfish/p/6815532.html
[3] Ubuntu下LAMMPS的并行安装教程（最新版），https://zhuanlan.zhihu.com/p/23704848
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    • 2018-05-05 15:13:21, 450.91 K

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sbkk sbkk byc123

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工科研究生，工程热物理
1楼2018-05-05 15:13:26
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回帖置顶 ( 共有2个 )

yichangli

新虫 (初入文坛)
yichangli: 回帖置顶 2018-09-14 09:22:57
如果始终是最后一步出现 Error2, 我建议放弃openmpi，选择最新版 mpich 软件，具体安装方法和路径和上面一样。然后在/lammps/src/make文件夹下选择 Makefile.mpi。

（注意是Makefile.mpi 而不是 Makefile.ubuntu !!!!!!）

该文件中修改方式一样，只需要删除 关于 jpeg的部分。然后返回 /src 目录下输入 sudo make mpi -j4 ，就会生成 lmp_mpi 的执行文件。
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sbkk
工科研究生，工程热物理
16楼2018-09-14 09:13:55
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yichangli

新虫 (初入文坛)
yichangli: 回帖置顶 2018-10-03 17:40:18
鉴于部分同学在最后一步会出现 Error 2 的错误，我建议安装一开始就选择 mpich 软件，由于发布时间太长小木虫无法修改文章内容，我在知乎中写了篇相同内容的帖子，方便大家参考。

https://zhuanlan.zhihu.com/p/36457551
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工科研究生，工程热物理
28楼2018-10-03 17:40:07
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sbkk

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引用回帖:
2楼: Originally posted by sbkk at 2018-06-12 21:14:30
楼主，我在按您的教程安装ffwt的时候第二步
2.sudo ./configure --prefix=/usr/local --enable-float
提示 sudo: ./configure: command not found
怎么办？？

大概找到原因了，依赖包没装全

sudo apt-get install build-essential

sudo apt-get install build-essential --fix-missing
赞一下(2人) 回复此楼
路能走多远，在于事先准备的有多好。不要看到希望而坚持，只有坚持才会看到希望。
23楼2018-09-15 22:54:21
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wangzhe86668

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楼主，请问环境变量一直设置不好，为什么

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7楼2018-06-18 15:59:09
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sbkk

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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主，我在按您的教程安装ffwt的时候第二步
2.sudo ./configure --prefix=/usr/local --enable-float
提示 sudo: ./configure: command not found
怎么办？？
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sbkk
路能走多远，在于事先准备的有多好。不要看到希望而坚持，只有坚持才会看到希望。
2楼2018-06-12 21:14:30
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wangzhe86668

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by sbkk at 2018-06-12 21:14:30
楼主，我在按您的教程安装ffwt的时候第二步
2.sudo ./configure --prefix=/usr/local --enable-float
提示 sudo: ./configure: command not found
怎么办？？

请问解决了吗？
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sbkk
3楼2018-06-15 19:49:05
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sbkk

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3楼: Originally posted by wangzhe86668 at 2018-06-15 19:49:05
请问解决了吗？...

没有，sudo 后面有空格的

发自小木虫Android客户端
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wangzhe86668
路能走多远，在于事先准备的有多好。不要看到希望而坚持，只有坚持才会看到希望。
4楼2018-06-17 08:11:54
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wangzhe86668

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by sbkk at 2018-06-17 08:11:54
没有，sudo 后面有空格的
...

谢谢，已安装好了

发自小木虫IOS客户端
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5楼2018-06-18 15:57:11
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wangzhe86668

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by sbkk at 2018-06-17 08:11:54
没有，sudo 后面有空格的
...

谢谢

发自小木虫IOS客户端
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6楼2018-06-18 15:57:23
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2009云飞扬

铁杆木虫 (著名写手)
谢谢 楼主
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8楼2018-07-21 14:55:26
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2009云飞扬

铁杆木虫 (著名写手)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主在安装 FFTW第三步时，出现 没有指明目标并且找不到makefile 停止  这样怎么处理呢
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9楼2018-07-22 16:44:14
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llqviper

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
麻烦楼主，我在安装lammps时，第三步输入sudo make ubuntu -j4后出现make:***[ubuntu] Error 2该如何处理
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sbkk
10楼2018-08-15 18:44:25
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