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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

[交流] [求助]巯基的化学性质

学药的人应该都清楚卡托普利的作用主要是其SH-与受体ZN离子的作用,而我在给卡托普利赋Gasteiger电荷后,发现其部分电荷只有-0.2左右,比羰基O的-0.8差得远,那样的话应该是卡托普利的羧基与ZN作用啊,明显结合更强,可是事实并非如此,我想请教两个问题:

1.如果有达人知道如何处理配体分子的SH-更好,或者是autodock中怎么正确为这个S赋上部分电荷.
2.在体内卡托普利的SH-是以这种形式存在的吗>?是否解离呢?

感激指教!
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫


Gasteiger电荷是基于原子电负性进行分配的,S的电负性远比O小,所以会得到这样的部分电荷。
Zn与配位原子的作用一方面是静电作用,一方面是化学键的作用,仅用部分电荷来考虑这个问题是不正确的
2楼2008-08-11 23:31:57
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

引用回帖:
Originally posted by sobereva at 2008-8-11 23:31:
Zn与配位原子的作用一方面是静电作用,一方面是化学键的作用,仅用部分电荷来考虑这个问题是不正确的

谢谢,部分电荷应该是考虑的静电作用,再请问ZN与配位原子的化学键作用是怎么回事呢?真的在二者之间产生离子键了么?这该怎么样表示呢,在分子对接中?
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3楼2008-08-12 11:09:30
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

自己顶啊,高手指教
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4楼2008-08-13 11:14:21
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