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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » [求助]巯基的化学性质
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

[交流] [求助]巯基的化学性质

学药的人应该都清楚卡托普利的作用主要是其SH-与受体ZN离子的作用,而我在给卡托普利赋Gasteiger电荷后,发现其部分电荷只有-0.2左右,比羰基O的-0.8差得远,那样的话应该是卡托普利的羧基与ZN作用啊,明显结合更强,可是事实并非如此,我想请教两个问题:

1.如果有达人知道如何处理配体分子的SH-更好,或者是autodock中怎么正确为这个S赋上部分电荷.
2.在体内卡托普利的SH-是以这种形式存在的吗>?是否解离呢?

感激指教!
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1楼 2008-08-11 21:34:46
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫
Gasteiger电荷是基于原子电负性进行分配的，S的电负性远比O小，所以会得到这样的部分电荷。
Zn与配位原子的作用一方面是静电作用，一方面是化学键的作用，仅用部分电荷来考虑这个问题是不正确的
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2楼2008-08-11 23:31:57
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
引用回帖:
Originally posted by sobereva at 2008-8-11 23:31:
Zn与配位原子的作用一方面是静电作用，一方面是化学键的作用，仅用部分电荷来考虑这个问题是不正确的

谢谢，部分电荷应该是考虑的静电作用，再请问ZN与配位原子的化学键作用是怎么回事呢？真的在二者之间产生离子键了么？这该怎么样表示呢，在分子对接中？
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3楼2008-08-12 11:09:30
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
自己顶啊,高手指教
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
4楼2008-08-13 11:14:21
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