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朱庆平

铜虫 (小有名气)

[求助] 真核生物是否有基因没有内含子 已有7人参与

本人从NCBI找到一目的基因mRNA的全序列,分别根据该序列的CDS从起始密码子和终止密码子处设计了一对上下游引物;再根据该基因的5’和3’段UTR设计了一对引物;以基因组DNA为模板,进行了两轮扩增,扩增结果见图;第一轮扩增基本上无结果,而第二轮扩增以第一轮的PCR反应液为模板,使用了与第一轮同样的引物,条带清晰,请问为什么会这样呢?另外,从第二轮PCR的电泳图上可以看出,以DNA为模板,根据CDS序列设计的引物进行的PCR条带的大小为1300左右,这个大小与mRNA的CDS大小1331bp基本上一致的,那么问题是这个基因没有内含子吗?该基因是个核基因,其编码产物定位于质体或叶绿体上。另外,在UTR部分设计的上下游引物经两轮扩增出了两条带,500bp和800bp,加在一起也就1300bp左右,这与mRNA的1500bp全序列有出入,这又是为什么呢?

真核生物是否有基因没有内含子
DNA-FAD6-M3-C-U-第一轮-7.21.jpg


真核生物是否有基因没有内含子-1
DNA-FAD6-M3-U-C-第二轮-7.21.jpg
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朱庆平

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
14楼: Originally posted by Tomlovefish at 2015-07-27 14:12:06
那会不会是设计的引物之间没有内含子,我看你的片段大小才1500左右,基因组全长不应该那么短吧,会不会是设计的引物刚好中间没有内含子?
...

这个应该不回吧,我是从起始密码子处开始设计的上游引物,终止密码子处设计的下游引物,没道理外显子那么短吧!
15楼2015-07-28 10:00:42
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lxj341401

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-07-22 17:40:29
真核生物中确实有些基因没有内含子的,碰到过两个这样的基因。
2楼2015-07-22 16:45:59
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朱庆平

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lxj341401 at 2015-07-22 16:45:59
真核生物中确实有些基因没有内含子的,碰到过两个这样的基因。

你是做实验碰到的吗?还是看的文献啊?
3楼2015-07-22 18:03:40
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lxj341401

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 朱庆平 at 2015-07-22 18:03:40
你是做实验碰到的吗?还是看的文献啊?...

做酶基因克隆表达时。
4楼2015-07-23 09:23:19
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