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Mercy_

新虫 (初入文坛)

[求助] 新手请教关于总RNA提取以及琼脂糖凝胶电泳的问题!已有2人参与

各位站友们大家好,我在做苜蓿草chs基因的克隆实验,第一次接触克隆实验,在提取总RNA以及电泳验证其完整性的时候出了很大的问题,提了四天了,每次跑出来的胶都像下面的样子......询问了师兄和师姐,他们因为没做过RNA的实验所以也不太清楚,小弟在此请教各位大侠了!
        RNA长度大约是1.2Kbp
        下面是我们的实验过程:

总RNA提取:

1.取新鲜的苜蓿草嫩叶分ABCD四组,每组80mg,经1 g·L?1 次氯酸钠消毒15 min 后, 用双蒸水冲洗干净, 放置-20℃冰箱保存过夜
2.实验用研钵用0.1%DEPC水冲洗,放-20℃冰箱预冷
3.实验用烧杯、镊子、刮刀、枪头、EP管在0.1%DEPC溶液中浸泡过夜,第二天放在37℃的烘箱中烘干。(实验室只有37℃烘箱......)
4.组织样本提取:每个样品加三平勺石英砂,用研钵将组织在-20摄氏度冰箱中磨成粉末,四个样品分别加1ml Trizol,放置5分钟
5.每组加0.2ml氯仿,震荡15秒,室温静置2分钟;4摄氏度,12000转离心15分钟(配平用石英砂)
6.取水相于新的离心管,加0.5ml异丙醇,室温放置10分钟;4摄氏度,12000转离心10分钟(配平用异丙醇)
7.弃去上清液,加入1.5ml的75%乙醇,涡旋;4摄氏度,12000转离心5分钟(配平用 75%乙醇)
8.弃去上清液,室温干燥7分钟;将RNA溶于10μL的0.1%DEPC水中,-60℃保存过夜

注:所有试剂均用0.1%DEPC水配制,操作过程戴手套和口罩。每次提完总RNA,EP管底部都有很少的白色沉淀,用0.1%DEPC水可以溶解。

RNA跑胶:

1.将制胶用具用75%乙醇冲洗一遍,晾干备用。
2.电泳槽处理:3%H2O2灌满,室温放置10分钟,0.1%DEPC水冲洗。
3.制胶:称取0.4g琼脂糖粉末,加入放有29.2mL的DEPC水的锥形瓶中,加热使琼脂糖完全溶解。稍冷却后加入4mL的5xTBE、6.8mL的甲醛,2.5μl Goldview然后在胶槽中灌制凝胶,插好梳子,水平放置待凝固后使用。
4.加样:在一个DEPC处理过的,干燥的EP管中混合以下试剂:5xTBE2μl、甲醛3.5μL、甲酰胺10μL、RNA样品3.5μl。混匀,置60℃保温10min,冰上速冷。取6μL加样于凝胶点样孔内。
5.打开电泳仪,100V电泳30分钟
6.电泳结束后通过紫外透视仪观察。

然后跑出来一直都是这样的......今天下午借了学长PCR完了多余的DNA(长度大约为750bp),按照完全一样的电泳条件,和我们提取的放-60℃过夜的RNA一同电泳,结果还是什么都没看到,这到底是总RNA提取有问题呢还是琼脂糖凝胶电泳的问题呢?希望大侠们不吝赐教!

新手请教关于总RNA提取以及琼脂糖凝胶电泳的问题!
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Mercy_

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by seeker91 at 2015-07-17 18:37:11
胶图可以看出,没有提取出来核酸,是核酸,DNA RNA 都没有
劝你用试剂盒提吧,如果苜蓿是高酚高糖的,还得用专用试剂盒
电泳必须点MARKER
RNA提取的结果应该是如下图片才可以http://muchong.com/bbs/viewthread.ph ...

可我不太明白的是为什么DNA的条带也没跑出来呢?是电泳条件不对么?

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
3楼2015-07-18 08:32:43
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seeker91

木虫 (文坛精英)


引用回帖:
3楼: Originally posted by Mercy_ at 2015-07-18 08:32:43
可我不太明白的是为什么DNA的条带也没跑出来呢?是电泳条件不对么?
...

你用一个试剂盒什么都明白了,我回答了你一个问题,你会有很多问题又冒出来,真的,做实验就这样。
5楼2015-07-18 14:43:07
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普通回帖

seeker91

木虫 (文坛精英)


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰,手有余香,分子生物期待您更多精彩。 2015-07-18 13:02:10
Mercy_: 金币+5, 有帮助 2015-07-19 14:19:08
胶图可以看出,没有提取出来核酸,是核酸,DNA RNA 都没有
劝你用试剂盒提吧,如果苜蓿是高酚高糖的,还得用专用试剂盒
电泳必须点MARKER
RNA提取的结果应该是如下图片才可以
新手请教关于总RNA提取以及琼脂糖凝胶电泳的问题!-1
RNA电泳图

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2楼2015-07-17 18:37:11
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ppppppppp

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
Mercy_: 金币+5, 有帮助 2015-07-19 14:18:32
引用回帖:
3楼: Originally posted by Mercy_ at 2015-07-18 08:32:43
可我不太明白的是为什么DNA的条带也没跑出来呢?是电泳条件不对么?
...

是液氮研磨和裂解不充分的问题。要狠狠地磨才行

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

初来乍到,请多指教
4楼2015-07-18 11:44:39
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Mercy_

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by ppppppppp at 2015-07-18 11:44:39
是液氮研磨和裂解不充分的问题。要狠狠地磨才行...

实验室里没有液氮,师兄说他们以前在研钵里加石英砂,放在-20℃冰柜里研磨也能提出DNA来,是不是因为RNA不稳定所以同样的条件提不出来么?
6楼2015-07-18 14:45:11
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Mercy_

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by seeker91 at 2015-07-18 14:43:07
你用一个试剂盒什么都明白了,我回答了你一个问题,你会有很多问题又冒出来,真的,做实验就这样。...

谢谢!准备向指导老师要个试剂盒试试了,确实会有很多问题......刚接触分子生物学实验,慢慢熟悉操作
7楼2015-07-18 14:49:15
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ppppppppp

新虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by Mercy_ at 2015-07-18 14:45:11
实验室里没有液氮,师兄说他们以前在研钵里加石英砂,放在-20℃冰柜里研磨也能提出DNA来,是不是因为RNA不稳定所以同样的条件提不出来么?...

-20度研磨效果没有液氮好,加了石英砂效果好点。如果要用RNA做后续试验,建议去弄点液氮来,我们实验室也没有,但是学校有,可以去用热水瓶打液氮的。

师兄说能提出来DNA,那你就先试试看吧,要狠狠地磨,磨成粉。。。。
初来乍到,请多指教
8楼2015-07-21 12:17:06
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sandycool

铁虫 (正式写手)

研钵要蒸馏水洗完,烘干,高压灭菌,烘干,180度烘3-4小时;最好液氮研磨

发自小木虫Android客户端
9楼2015-10-24 11:05:47
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铿锵爪神

金虫 (正式写手)

亲溶解RNA的DEPC水高压灭菌了么?

发自小木虫Android客户端
10楼2015-10-31 19:53:41
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