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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 量化新手直通车 » 为什么在用amber的antechamber转化力场文件时转化不了与Se有关的？
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sour1993

新虫 (初入文坛)

[求助] 为什么在用amber的antechamber转化力场文件时转化不了与Se有关的？ 已有1人参与

我用高斯03计算了一下与Se有关的小分子，用antechamber转化力场时出现了下面的提示，但是没有Se的时候很顺利，求大神们帮忙要怎么解决这个问题？

af and leap.in in /home/gromacs/lidbambertool/amber14/bin

For atom[1]:Se1, the best APS is not zero, bonds involved by this atom are frozen

For atom[7]:Se2, the best APS is not zero, bonds involved by this atom are frozen

The frozen atom type can only be 1, 2, 3, 7 (aromatic single), 8 (aromatic double)Error: cannot run "/home/gromacs/lidbambertool/amber11/bin/bondtype -j full -i ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC0 -o ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC -f ac" in judgebondtype() of antechamber.c properly, exit
antechamber success
Cannot open file out.mol2 to read in rmol2(), exit
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1楼 2015-07-17 14:32:44
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yum.com

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by namediablo1 at 2015-09-17 09:05:19
我也出现同样问题了，不过是Fe  .
  你的问题解决了吗？  求指导啊

请问你的问题解决了吗？我也遇到同样的问题。。。。。
赞一下 回复此楼
读博是一种修行！
3楼2018-03-12 10:29:21
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namediablo1

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

我也出现同样问题了，不过是Fe  .
  你的问题解决了吗？  求指导啊
赞一下 回复此楼
2楼2015-09-17 09:05:19
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