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为什么在用amber的antechamber转化力场文件时转化不了与Se有关的？已有1人参与
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我用高斯03计算了一下与Se有关的小分子，用antechamber转化力场时出现了下面的提示，但是没有Se的时候很顺利，求大神们帮忙要怎么解决这个问题？ af and leap.in in /home/gromacs/lidbambertool/amber14/bin For atom[1]:Se1, the best APS is not zero, bonds involved by this atom are frozen For atom[7]:Se2, the best APS is not zero, bonds involved by this atom are frozen The frozen atom type can only be 1, 2, 3, 7 (aromatic single), 8 (aromatic double)Error: cannot run "/home/gromacs/lidbambertool/amber11/bin/bondtype -j full -i ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC0 -o ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC -f ac" in judgebondtype() of antechamber.c properly, exit antechamber success Cannot open file out.mol2 to read in rmol2(), exit |
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