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1004511751

金虫 (小有名气)

sunny girl

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用Autodock对接好的结果保存保成PDB格式?我保存出错,老显示包含不止一个分子
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a86052

金虫 (正式写手)

能说下你是如何保存的吗?
2楼2015-07-16 10:02:06
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你可以单独保存分子配体的pdb文件,也可以和蛋白一块保存
3楼2015-07-16 10:03:01
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a86052

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by pymol at 2015-07-16 10:03:01
你可以单独保存分子配体的pdb文件,也可以和蛋白一块保存

请教下,如何直接保存为pdb格式呢?
4楼2015-07-16 10:14:05
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1004511751

金虫 (小有名气)

sunny girl

引用回帖:
2楼: Originally posted by a86052 at 2015-07-16 10:02:06
能说下你是如何保存的吗?

我先保存成PDBQT然后从file---save as---pdb,但是出错,
5楼2015-07-16 15:23:28
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1004511751

金虫 (小有名气)

sunny girl

引用回帖:
3楼: Originally posted by pymol at 2015-07-16 10:03:01
你可以单独保存分子配体的pdb文件,也可以和蛋白一块保存

我就是要保存对接好的,单独可以保存但对接好的不能保存,不知道怎么弄?
6楼2015-07-16 15:24:38
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1004511751

金虫 (小有名气)

sunny girl

引用回帖:
4楼: Originally posted by a86052 at 2015-07-16 10:14:05
请教下,如何直接保存为pdb格式呢?...

从文件里保存的,选保存为PDB格式,但是不行,只能单独保存
7楼2015-07-16 15:25:59
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a86052

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
5楼: Originally posted by 1004511751 at 2015-07-16 15:23:28
我先保存成PDBQT然后从file---save as---pdb,但是出错,...

我是保存为pdbqt格式后,用OpenBabel软件把格式转为pdb了~
8楼2015-07-16 15:44:00
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1004511751

金虫 (小有名气)

sunny girl

引用回帖:
8楼: Originally posted by a86052 at 2015-07-16 15:44:00
我是保存为pdbqt格式后,用OpenBabel软件把格式转为pdb了~...

我也是这么弄的,已经解决,感谢参与
9楼2015-07-17 09:25:03
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蓝洋飘雪

木虫 (小有名气)

您好,我刚接触Autodock,很多东西还不懂,想问您一下,Autodock里,如何设定特定对接区域?我想做受体配体对接 ,但是对接无果,导致后续实验无法继续。恳请您能帮帮忙,教教我吧!
人生如茶,不会苦一辈子,但会苦一阵子!
10楼2015-07-24 17:30:26
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