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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 大神求教
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1004511751

金虫 (小有名气)

sunny girl

[求助] 大神求教 已有2人参与

用Autodock对接好的结果保存保成PDB格式？我保存出错，老显示包含不止一个分子
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1楼 2015-07-16 09:57:07
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a86052

金虫 (正式写手)
能说下你是如何保存的吗？
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2楼2015-07-16 10:02:06
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你可以单独保存分子配体的pdb文件，也可以和蛋白一块保存
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3楼2015-07-16 10:03:01
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a86052

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by pymol at 2015-07-16 10:03:01
你可以单独保存分子配体的pdb文件，也可以和蛋白一块保存

请教下，如何直接保存为pdb格式呢？
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4楼2015-07-16 10:14:05
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1004511751

金虫 (小有名气)

sunny girl
引用回帖:
2楼: Originally posted by a86052 at 2015-07-16 10:02:06
能说下你是如何保存的吗？

我先保存成PDBQT然后从file---save as---pdb，但是出错，
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5楼2015-07-16 15:23:28
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1004511751

金虫 (小有名气)

sunny girl
引用回帖:
3楼: Originally posted by pymol at 2015-07-16 10:03:01
你可以单独保存分子配体的pdb文件，也可以和蛋白一块保存

我就是要保存对接好的，单独可以保存但对接好的不能保存，不知道怎么弄？
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6楼2015-07-16 15:24:38
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1004511751

金虫 (小有名气)

sunny girl
引用回帖:
4楼: Originally posted by a86052 at 2015-07-16 10:14:05
请教下，如何直接保存为pdb格式呢？...

从文件里保存的，选保存为PDB格式，但是不行，只能单独保存
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7楼2015-07-16 15:25:59
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a86052

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
5楼: Originally posted by 1004511751 at 2015-07-16 15:23:28
我先保存成PDBQT然后从file---save as---pdb，但是出错，...

我是保存为pdbqt格式后，用OpenBabel软件把格式转为pdb了~
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8楼2015-07-16 15:44:00
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1004511751

金虫 (小有名气)

sunny girl
引用回帖:
8楼: Originally posted by a86052 at 2015-07-16 15:44:00
我是保存为pdbqt格式后，用OpenBabel软件把格式转为pdb了~...

我也是这么弄的，已经解决，感谢参与
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9楼2015-07-17 09:25:03
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蓝洋飘雪

木虫 (小有名气)
您好，我刚接触Autodock,很多东西还不懂，想问您一下，Autodock里，如何设定特定对接区域？我想做受体配体对接 ，但是对接无果，导致后续实验无法继续。恳请您能帮帮忙，教教我吧！
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人生如茶，不会苦一辈子，但会苦一阵子！
10楼2015-07-24 17:30:26
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