24小时热门版块排行榜    

查看: 1223  |  回复: 15
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

genedemon773

银虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】哪些软件能把分子对中的相互作用很好的显示出来?

如题
我希望能找到一个软件能把PDB中的大分子复合物或者自己做分子对接的结果中,两个分子之间形成氢键和离子键的情况清楚地自动识别并且显示出来

目前用的VMD似乎不能很好的实现这一点
不知道pymol行不?请用过的各位战友指教一下
或者推荐一下其他软件
谢谢
回复此楼
小猪吃小鱼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

genedemon773

银虫 (初入文坛)

非常感谢yalefield的回复!

我上ligplot的官网看了,但是他们给的ftp下载网址打不开
请问你有吗?
可否发给我一份?

Email:wayj86@gmail.com
小猪吃小鱼
7楼2008-08-02 16:54:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 16 个回答

bioinflab

银虫 (小有名气)

★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎再次光临计算模拟版!
需要计算,一般不能自动显示
2楼2008-08-01 12:17:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎再次光临计算模拟版!
PYMOL不错,可以明确的显示H键,也可以显示离子键的作用,甚至是配位作用。
但对于像什么阳离子-派作用,派-派作用,疏水作用等也无能无力,这还是要计算一下分子的surface然后自己看
个人博客:[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
3楼2008-08-01 15:09:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎再次光临计算模拟版!
(1) LigPlot
(2) MSDsite
4楼2008-08-01 16:20:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 14/700 2026-11-01 07:01 by YXM1FDCSE8Bn
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 16/800 2026-11-01 07:01 by YXM1FDCSE8Bn
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 X5bHxOULxFqb 2026-10-30 21/1050 2026-11-01 06:46 by YXM1FDCSE8Bn
[考研] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 xvJS1BYDxvBS 2026-10-31 8/400 2026-11-01 05:48 by YXM1FDCSE8Bn
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 xvJS1BYDxvBS 2026-10-31 8/400 2026-11-01 05:43 by YXM1FDCSE8Bn
[公派出国] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 6/300 2026-11-01 05:41 by YXM1FDCSE8Bn
[找工作] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 6/300 2026-11-01 05:41 by YXM1FDCSE8Bn
[博后之家] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 15/750 2026-11-01 05:22 by YXM1FDCSE8Bn
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 7/350 2026-11-01 04:04 by YXM1FDCSE8Bn
[基金申请] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 3/150 2026-11-01 04:04 by YXM1FDCSE8Bn
[论文投稿] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 8/400 2026-11-01 03:59 by YXM1FDCSE8Bn
[找工作] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 6/300 2026-11-01 03:56 by YXM1FDCSE8Bn
[博后之家] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 6/300 2026-11-01 03:56 by YXM1FDCSE8Bn
[考研] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 12/600 2026-11-01 02:19 by YXM1FDCSE8Bn
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 X5bHxOULxFqb 2026-10-30 12/600 2026-11-01 00:15 by YXM1FDCSE8Bn
[教师之家] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 X5bHxOULxFqb 2026-10-30 13/650 2026-10-31 17:12 by hKe7U1kad5Sg
[考博] 2027博士申请-临床检验诊断学、病原生物学、微生物方向 50+3 yyh@ 2026-10-28 4/200 2026-10-31 12:47 by 可淡不可忘
[硕博家园] 越来越担心硕士毕业后没有竞争力了 +8 zuesli 2026-10-27 14/700 2026-10-30 22:44 by 好运连连公主
[硕博家园] 申博自荐 2篇一区TOP+1篇EI+2公开发明专利 2027博士申请 +3 小小阿光 2026-10-27 3/150 2026-10-29 23:56 by 起风了的快乐
[文学芳草园] 闲聊 +3 myrtle 2026-10-25 6/300 2026-10-29 15:28 by myrtle
信息提示
请填处理意见