应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 【求助】哪些软件能把分子对中的相互作用很好的显示出来？
161/2返回列表12下一页
查看: 1220  |  回复: 15
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

genedemon773

银虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】哪些软件能把分子对中的相互作用很好的显示出来？

如题
我希望能找到一个软件能把PDB中的大分子复合物或者自己做分子对接的结果中，两个分子之间形成氢键和离子键的情况清楚地自动识别并且显示出来

目前用的VMD似乎不能很好的实现这一点
不知道pymol行不？请用过的各位战友指教一下
或者推荐一下其他软件
谢谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
小猪吃小鱼
1楼 2008-08-01 12:05:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bioinflab

银虫 (小有名气)
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
需要计算，一般不能自动显示
赞一下(10人) 回复此楼
2楼2008-08-01 12:17:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
PYMOL不错，可以明确的显示H键，也可以显示离子键的作用，甚至是配位作用。
但对于像什么阳离子－派作用，派－派作用，疏水作用等也无能无力，这还是要计算一下分子的surface然后自己看
赞一下(10人) 回复此楼
个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
3楼2008-08-01 15:09:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
(1) LigPlot
(2) MSDsite
赞一下(10人) 回复此楼
4楼2008-08-01 16:20:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

genedemon773

银虫 (初入文坛)
多谢各位热心回帖
以前看的文献上面做的漂亮的图片都是pymol的
一直都很仰慕这个软件，但是貌似教程是收费的，只有04版的才能下到

VMD和NAMD系出同门，对于分子动力学模拟很适合
但是显示相互作用方面略有不足
赞一下 回复此楼
小猪吃小鱼
5楼2008-08-02 15:28:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
LigPlot的优点是用平面的办法展示
赞一下(10人) 回复此楼
6楼2008-08-02 16:07:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

genedemon773

银虫 (初入文坛)
非常感谢yalefield的回复！

我上ligplot的官网看了，但是他们给的ftp下载网址打不开
请问你有吗？
可否发给我一份？

Email:wayj86@gmail.com
赞一下 回复此楼
小猪吃小鱼
7楼2008-08-02 16:54:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
能否也给我一份：blue_book2004@yahoo.com.cn
赞一下 回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
8楼2008-08-03 07:15:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

suny2005

木虫 (小有名气)
不好意思！我想问一下是免费的吗？
赞一下 回复此楼
9楼2008-08-03 07:47:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

genedemon773

银虫 (初入文坛)
今天下到了ligplot，但是和以前用的NACCESS一样，是加密后的版本
（必须要用ftp客户端才能连上，不能直接用浏览器）
如果要解密还要发一份confidence agreement给作者，才能得到解密的key
赞一下 回复此楼
小猪吃小鱼
10楼2008-08-03 15:13:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 genedemon773 的主题更新
161/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 xvJS1BYDxvBS 2026-10-31 6/300 2026-10-31 23:23 by YXM1FDCSE8Bn
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 6/300 2026-10-31 23:17 by YXM1FDCSE8Bn
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 5/250 2026-10-31 23:10 by YXM1FDCSE8Bn
[博后之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 12/600 2026-10-31 22:52 by YXM1FDCSE8Bn
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 X5bHxOULxFqb 2026-10-30 14/700 2026-10-31 22:46 by YXM1FDCSE8Bn
[论文投稿] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 X5bHxOULxFqb 2026-10-30 24/1200 2026-10-31 22:39 by YXM1FDCSE8Bn
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 X5bHxOULxFqb 2026-10-30 11/550 2026-10-31 22:39 by YXM1FDCSE8Bn
[考研] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 xvJS1BYDxvBS 2026-10-31 5/250 2026-10-31 21:59 by YXM1FDCSE8Bn
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 4/200 2026-10-31 21:54 by YXM1FDCSE8Bn
[考博] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 4/200 2026-10-31 21:51 by YXM1FDCSE8Bn
[公派出国] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-31 4/200 2026-10-31 21:51 by YXM1FDCSE8Bn
[考研] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 10/500 2026-10-31 21:41 by YXM1FDCSE8Bn
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 9/450 2026-10-31 21:34 by YXM1FDCSE8Bn
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 1uaZt2kAZj2S 2026-10-30 11/550 2026-10-31 21:25 by YXM1FDCSE8Bn
[教师之家] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 X5bHxOULxFqb 2026-10-30 13/650 2026-10-31 17:12 by hKe7U1kad5Sg
[考博] 2027博士申请-临床检验诊断学、病原生物学、微生物方向 50+3 yyh@ 2026-10-28 4/200 2026-10-31 12:47 by 可淡不可忘
[基金申请] 论文的挂名怎么评判贡献？基金申请中，排名第一的挂名文章 +3 biily 2026-10-25 3/150 2026-10-30 18:33 by 旁观2020
[硕博家园] 申博自荐 2篇一区TOP+1篇EI+2公开发明专利 2027博士申请 +3 小小阿光 2026-10-27 3/150 2026-10-29 23:56 by 起风了的快乐
[文学芳草园] 闲聊 +3 myrtle 2026-10-25 6/300 2026-10-29 15:28 by myrtle
[考博] 申博求助 20+3 Katrinae 2026-10-26 4/200 2026-10-27 09:56 by 北京莱茵编辑
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭