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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 【求助】哪些软件能把分子对中的相互作用很好的显示出来？
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genedemon773

银虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】哪些软件能把分子对中的相互作用很好的显示出来？

如题
我希望能找到一个软件能把PDB中的大分子复合物或者自己做分子对接的结果中，两个分子之间形成氢键和离子键的情况清楚地自动识别并且显示出来

目前用的VMD似乎不能很好的实现这一点
不知道pymol行不？请用过的各位战友指教一下
或者推荐一下其他软件
谢谢
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小猪吃小鱼
1楼 2008-08-01 12:05:18
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bioinflab

银虫 (小有名气)
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
需要计算，一般不能自动显示
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2楼2008-08-01 12:17:50
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
PYMOL不错，可以明确的显示H键，也可以显示离子键的作用，甚至是配位作用。
但对于像什么阳离子－派作用，派－派作用，疏水作用等也无能无力，这还是要计算一下分子的surface然后自己看
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
3楼2008-08-01 15:09:20
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
(1) LigPlot
(2) MSDsite
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4楼2008-08-01 16:20:40
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genedemon773

银虫 (初入文坛)
多谢各位热心回帖
以前看的文献上面做的漂亮的图片都是pymol的
一直都很仰慕这个软件，但是貌似教程是收费的，只有04版的才能下到

VMD和NAMD系出同门，对于分子动力学模拟很适合
但是显示相互作用方面略有不足
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小猪吃小鱼
5楼2008-08-02 15:28:56
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
LigPlot的优点是用平面的办法展示
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6楼2008-08-02 16:07:12
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genedemon773

银虫 (初入文坛)
非常感谢yalefield的回复！

我上ligplot的官网看了，但是他们给的ftp下载网址打不开
请问你有吗？
可否发给我一份？

Email:wayj86@gmail.com
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小猪吃小鱼
7楼2008-08-02 16:54:01
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
能否也给我一份：blue_book2004@yahoo.com.cn
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
8楼2008-08-03 07:15:49
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suny2005

木虫 (小有名气)
不好意思！我想问一下是免费的吗？
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9楼2008-08-03 07:47:37
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genedemon773

银虫 (初入文坛)
今天下到了ligplot，但是和以前用的NACCESS一样，是加密后的版本
（必须要用ftp客户端才能连上，不能直接用浏览器）
如果要解密还要发一份confidence agreement给作者，才能得到解密的key
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小猪吃小鱼
10楼2008-08-03 15:13:30
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