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swordzj858至尊木虫 (著名写手)
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【求助】windows版Autodock4的flexible residue的确定
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请教各位高手，我在用Windows版的Autodock4做对接时，有一步是确定受体分子的flexibility pattern, 运行Select——Select From String,在出现的对话框中需要输入Residue一栏，我在用教程学习的时候是做的hsg1与ind分子的对接，教程中输入的是ARG8，而我自己做的时候输入ARG8找不到，请问这个如何确定。不胜感激！ |
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2楼2008-07-30 20:23:51
gwdavid
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如图，这是一个蛋白分子的一个残基，用文本编辑器打开可以看： ATOM 518 N ARG A 86 -18.179 14.783 28.228 1.00 48.40 N ATOM 519 CA ARG A 86 -17.341 15.615 29.084 1.00 48.45 C ATOM 520 C ARG A 86 -18.073 16.083 30.334 1.00 48.45 C ATOM 521 O ARG A 86 -17.710 17.106 30.919 1.00 49.69 O ATOM 522 CB ARG A 86 -16.830 16.838 28.316 1.00 49.06 C ATOM 523 CG ARG A 86 -15.696 16.542 27.351 1.00 50.39 C ATOM 524 CD ARG A 86 -15.362 17.765 26.508 1.00 51.67 C ATOM 525 NE ARG A 86 -14.289 17.506 25.548 1.00 52.67 N ATOM 526 CZ ARG A 86 -12.998 17.451 25.860 1.00 53.42 C ATOM 527 NH1 ARG A 86 -12.604 17.643 27.116 1.00 53.62 N ATOM 528 NH2 ARG A 86 -12.100 17.198 24.915 1.00 53.34 N 这个残基在autodock中用“select from string”的表示就是ARG86，看到了吗？你那个8就是这里86那一栏的位置处，用这种表示法就可以定位一个残基。如果你的找不到，可能是你的蛋白分子和例程中的不一样，像被修改过之类的，你可以自己定义一个，学习吗，哪一个无所谓。 |
3楼2008-07-30 20:38:57
swordzj858
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4楼2008-07-30 20:48:51
swordzj858
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5楼2008-07-30 20:53:39
gwdavid
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柔性残基不是必须的，而且一般选的柔性残基过多，一方面导致结果很不稳定，另一方面大大增加计算资源，所以，起码在现在，以我个人之见，柔性残基如果非要选也不要过多。选柔性残基肯定是在活性位点周围的部分主观认为很重要的基团啊，或者说是作用基团。结果是：比刚性对接更不稳定，更不容易得到可靠的结果，但更接近实际的发生，更可能找到真正的结合构象。 一个小时的对接时间在autodock里真是算不上什么。我用的四核两个CPU的服务器算有时都能算上一天。 autodock做的过程没什么，难在结果分析。非常的不好判断哪个结果好，哪个坏，如果你有什么高见也请指教一下我，呵呵。 |
6楼2008-07-30 21:00:04
chemozhang
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7楼2008-07-31 00:28:06
whitewatercn
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autodock4比autodock3的一个重要改进就是增加了柔性残基. "不需要flexibility residue对接的话 用atuodock4可以进行吗" ,这问题就象是"我买了车,还能用脚走路吗?" 如何确定那一个残基是柔性的?取决于你对研究对象的了解. 比如,一个受体有多个配体结合的晶体结构, 把它们叠合起来看一下,有的残基(因配体的不同)位置差别很大,把这个残基作为柔性残基,就有可能增加cross-dock的准确性. autodock的速度一方面取决于网格的大小和步长,另一方面取决于可旋转键的数目(配体的+柔性残基的). 可旋转键太多,很难得到收敛的结果,因此柔性残基数目需要很好的控制. |
8楼2008-07-31 09:51:53
9楼2008-07-31 21:07:26
libugou
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10楼2008-08-04 00:57:04