| 查看: 1126 | 回复: 9 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
swordzj858至尊木虫 (著名写手)
|
[交流]
【求助】windows版Autodock4的flexible residue的确定
|
||
|
请教各位高手，我在用Windows版的Autodock4做对接时，有一步是确定受体分子的flexibility pattern, 运行Select——Select From String,在出现的对话框中需要输入Residue一栏，我在用教程学习的时候是做的hsg1与ind分子的对接，教程中输入的是ARG8，而我自己做的时候输入ARG8找不到，请问这个如何确定。不胜感激！ |
回复此楼» 猜你喜欢
瑞典林雪平大学博士后招聘｜PEC Water Splitting 方向
已经有130人回复
-
PRB投稿，Acknowledgment sent to author状态十天了
已经有3人回复
-
物理学I论文润色/翻译怎么收费?
已经有258人回复
-
PVA溶解
已经有2人回复
-
基金申请
已经有44人回复
-
CSC与新西兰维多利亚大学PhD奖学金项目
已经有0人回复
-
新西兰Robinson研究所 招聘CSC公派访问人员
已经有0人回复
-
帮我的英语口语老师找学生
已经有0人回复
-
什么时候开奖？
已经有6人回复
-
散金币祈福
已经有35人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
gwdavid
木虫 (著名写手)
小木虫散兵坑坑长
- 应助: 0 (幼儿园)
- 贵宾: 0.522
- 金币: 4097.7
- 散金: 1548
- 红花: 57
- 帖子: 1768
- 在线: 151.2小时
- 虫号: 514002
- 注册: 2008-02-28
- 性别: GG
- 专业: 生化分析及生物传感
★ ★ ★
swordzj858(金币+3,VIP+0):Thanks
swordzj858(金币+3,VIP+0):Thanks
|
柔性残基不是必须的，而且一般选的柔性残基过多，一方面导致结果很不稳定，另一方面大大增加计算资源，所以，起码在现在，以我个人之见，柔性残基如果非要选也不要过多。选柔性残基肯定是在活性位点周围的部分主观认为很重要的基团啊，或者说是作用基团。结果是：比刚性对接更不稳定，更不容易得到可靠的结果，但更接近实际的发生，更可能找到真正的结合构象。 一个小时的对接时间在autodock里真是算不上什么。我用的四核两个CPU的服务器算有时都能算上一天。 autodock做的过程没什么，难在结果分析。非常的不好判断哪个结果好，哪个坏，如果你有什么高见也请指教一下我，呵呵。 |
6楼2008-07-30 21:00:04
2楼2008-07-30 20:23:51
gwdavid
木虫 (著名写手)
小木虫散兵坑坑长
- 应助: 0 (幼儿园)
- 贵宾: 0.522
- 金币: 4097.7
- 散金: 1548
- 红花: 57
- 帖子: 1768
- 在线: 151.2小时
- 虫号: 514002
- 注册: 2008-02-28
- 性别: GG
- 专业: 生化分析及生物传感
★ ★
swordzj858(金币+2,VIP+0):Thanks
swordzj858(金币+2,VIP+0):Thanks
|
如图，这是一个蛋白分子的一个残基，用文本编辑器打开可以看： ATOM 518 N ARG A 86 -18.179 14.783 28.228 1.00 48.40 N ATOM 519 CA ARG A 86 -17.341 15.615 29.084 1.00 48.45 C ATOM 520 C ARG A 86 -18.073 16.083 30.334 1.00 48.45 C ATOM 521 O ARG A 86 -17.710 17.106 30.919 1.00 49.69 O ATOM 522 CB ARG A 86 -16.830 16.838 28.316 1.00 49.06 C ATOM 523 CG ARG A 86 -15.696 16.542 27.351 1.00 50.39 C ATOM 524 CD ARG A 86 -15.362 17.765 26.508 1.00 51.67 C ATOM 525 NE ARG A 86 -14.289 17.506 25.548 1.00 52.67 N ATOM 526 CZ ARG A 86 -12.998 17.451 25.860 1.00 53.42 C ATOM 527 NH1 ARG A 86 -12.604 17.643 27.116 1.00 53.62 N ATOM 528 NH2 ARG A 86 -12.100 17.198 24.915 1.00 53.34 N 这个残基在autodock中用“select from string”的表示就是ARG86，看到了吗？你那个8就是这里86那一栏的位置处，用这种表示法就可以定位一个残基。如果你的找不到，可能是你的蛋白分子和例程中的不一样，像被修改过之类的，你可以自己定义一个，学习吗，哪一个无所谓。 |
3楼2008-07-30 20:38:57
swordzj858
至尊木虫 (著名写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 17721.7
- 散金: 3626
- 红花: 6
- 帖子: 2107
- 在线: 766.7小时
- 虫号: 477105
- 注册: 2007-12-13
- 性别: GG
- 专业: 药物化学
4楼2008-07-30 20:48:51
