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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 【求助】windows版Autodock4的flexible residue的确定
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swordzj858

至尊木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】windows版Autodock4的flexible residue的确定

请教各位高手，我在用Windows版的Autodock4做对接时，有一步是确定受体分子的flexibility pattern,
运行Select——Select From String,在出现的对话框中需要输入Residue一栏，我在用教程学习的时候是做的hsg1与ind分子的对接，教程中输入的是ARG8，而我自己做的时候输入ARG8找不到，请问这个如何确定。不胜感激！
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1楼 2008-07-30 19:39:38
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xxffliu

铜虫 (小有名气)
柔性对接还不是很成熟，所以试试可以，但是最好要有文献或者实验数据支持哪个残基可能是柔性的。我曾经试过一个蛋白，晶体结构显示结合配体前后His的侧链位置发生了显著变化，但是用AD4一直也没有办法重现，所以这个东西还是case-by-case的，分析的时候要注意。
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9楼2008-07-31 21:07:26
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xxffliu

铜虫 (小有名气)
我做的时候可以找到这个残基，你把情况说的再详细点。
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2楼2008-07-30 20:23:51
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★ ★
swordzj858(金币+2,VIP+0):Thanks
如图，这是一个蛋白分子的一个残基，用文本编辑器打开可以看：
ATOM    518  N   ARG A  86     -18.179  14.783  28.228  1.00 48.40           N  
ATOM    519  CA  ARG A  86     -17.341  15.615  29.084  1.00 48.45           C  
ATOM    520  C   ARG A  86     -18.073  16.083  30.334  1.00 48.45           C  
ATOM    521  O   ARG A  86     -17.710  17.106  30.919  1.00 49.69           O  
ATOM    522  CB  ARG A  86     -16.830  16.838  28.316  1.00 49.06           C  
ATOM    523  CG  ARG A  86     -15.696  16.542  27.351  1.00 50.39           C  
ATOM    524  CD  ARG A  86     -15.362  17.765  26.508  1.00 51.67           C  
ATOM    525  NE  ARG A  86     -14.289  17.506  25.548  1.00 52.67           N  
ATOM    526  CZ  ARG A  86     -12.998  17.451  25.860  1.00 53.42           C  
ATOM    527  NH1 ARG A  86     -12.604  17.643  27.116  1.00 53.62           N  
ATOM    528  NH2 ARG A  86     -12.100  17.198  24.915  1.00 53.34           N  

这个残基在autodock中用“select from string”的表示就是ARG86，看到了吗？你那个8就是这里86那一栏的位置处，用这种表示法就可以定位一个残基。如果你的找不到，可能是你的蛋白分子和例程中的不一样，像被修改过之类的，你可以自己定义一个，学习吗，哪一个无所谓。
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
3楼2008-07-30 20:38:57
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swordzj858

至尊木虫 (著名写手)

谢谢

非常感谢，你说的这个问题我知道。我想请教一下是不是每次进行对接都需要确定一个flexibility Residue，如果是的话，那怎么确定哪一个氨基酸残基是flexibility Residue。我用另外一个蛋白受体做对接，发现不确定flexibility Residue也能进行对接，请问这两种方法结果有何不同。
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4楼2008-07-30 20:48:51
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