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solarman新虫 (正式写手)
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vasp成功安装后运行时出现Segmentation fault (signal 11)错误，求指教 已有3人参与
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vasp并行安装成功，cpu是xeon 2630v3×2，64G内存，机器上同时安装了mpich2和openmpi，但which mpif90后显示：/opt/software/mpich2-intel/bin/mpif90 同样，which mpirun后显示：/opt/software/mpich2-intel/bin/mpirun 表明实际使用的mpi是mpich2的。 同时还安装了fftw库。 运行了数个vasp作业，均出现以下信息： ===================================================================================== = BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES = EXIT CODE: 11 = CLEANING UP REMAINING PROCESSES = YOU CAN IGNORE THE BELOW CLEANUP MESSAGES ===================================================================================== APPLICATION TERMINATED WITH THE EXIT STRING: Segmentation fault (signal 11) 将makefile的设置贴出来，请大家帮忙看看，究竟是哪里出了问题？多谢了！ SUFFIX=.f90 FC=mpif90 FCL=$(FC) CPP_ = ./preprocess <$*.F | /usr/bin/cpp -P -C -traditional >$*$(SUFFIX) CPP = $(CPP_) -DMPI -DHOST=\"LinuxIFC\" -DIFC \ -DCACHE_SIZE=12000 -DPGF90 -Davoidalloc -DNGZhalf \ -DMPI_BLOCK=8000 -Duse_collectiveK FFLAGS = -FR -names lowercase -assume byterecl OFLAG=-O2 -ip OFLAG_HIGH = $(OFLAG) OBJ_HIGH = OBJ_NOOPT = DEBUG = -FR -O0 INLINE = $(OFLAG) MKLROOT=/opt/intel/icc/composer_xe_2013.3.163/mkl MKL_PATH=$(MKLROOT)/lib/intel64 IFC_LIB_PATH=/opt/intel/icc/composer_xe_2013.3.163/compiler/lib/intel64 BLAS=-L$(MKL_PATH) -lmkl_intel_lp64 -lmkl_blacs_lp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_core -liomp5 -lpthread -lmkl_lapack95_lp64 LAPACK= $(MKL_PATH)/libmkl_intel_lp64.a LIB = -L../vasp.5.lib -ldmy \ ../vasp.5.lib/linpack_double.o $(LAPACK) \ $(BLAS) LINK = FFT3D = fftmpiw.o fftmpi_map.o fftw3d.o fft3dlib.o /opt/mathlib/fftw-3.3.3/lib/libfftw3.a INCS = -I/opt/intel/icc/composer_xe_2013.3.163/mkl/include/fftw |
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wuli8
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…………
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# by default some intel compilers put temporaries on the stack # this might lead to segmentation faults is the stack limit is set to low # stack limits can be increased by sysadmins or e.g with ulimit -s 256000 # furthermore new ifort (10.0?) compilers support the option # -heap-arrays 64 # add this to the compilation flags is the other options do not work －－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－ 默认的话一些intel编译器会把缓存写到堆栈里，如果堆栈限制比较小，就会导致segmentation faults错误。可以用管理员权限来增加堆栈大小或者使用-heap-arrays 64（ifort10以上。 |
14楼2015-06-22 09:49:52
wmy8802217
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2楼2015-06-20 11:15:45
solarman
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运行ulimit -a unlimited后，显示 core file size (blocks, -c) 0 data seg size (kbytes, -d) unlimited scheduling priority (-e) 0 file size (blocks, -f) unlimited pending signals (-i) 257702 max locked memory (kbytes, -l) 64 max memory size (kbytes, -m) unlimited open files (-n) 1024 pipe size (512 bytes, -p) 8 POSIX message queues (bytes, -q) 819200 real-time priority (-r) 0 stack size (kbytes, -s) unlimited cpu time (seconds, -t) unlimited max user processes (-u) 1024 virtual memory (kbytes, -v) unlimited file locks (-x) unlimited 可以看到cpu时间和运行内存都是不受限的，是否存在其他原因？ |
3楼2015-06-20 12:38:49
wmy8802217
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4楼2015-06-20 13:21:34