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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 【求助】Autodock4中进行RUN-AutoGrid时出现问题（5金币）
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swordzj858

至尊木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】Autodock4中进行RUN-AutoGrid时出现问题（5金币）

各位高手，我在用Windows版的autodock4做对接时，一直进行到生成*.gpf文件时都比较正常，打开*.gpf文件也没发现问题。但是当我进行RUN-AutoGrid出现如下错误：
Running: autogrid4 -p M:\My Project\1y6b.gpf
[Error 2]
请教高位高手是什么问题？不胜感激。
附：1y6b.gpf文件
npts 40 40 40                        # num.grid points in xyz
gridfld 1Y6B_KeyH.maps.fld           # grid_data_file
spacing 0.375                        # spacing(A)
receptor_types A C HD N OA SA        # receptor atom types
ligand_types A NA C S OA             # ligand atom types
receptor 1Y6B_KeyH.pdbqt             # macromolecule
gridcenter -0.047 30.207 16.857      # xyz-coordinates or auto
smooth 0.5                           # store minimum energy w/in rad(A)
map 1Y6B_KeyH.A.map                  # atom-specific affinity map
map 1Y6B_KeyH.NA.map                 # atom-specific affinity map
map 1Y6B_KeyH.C.map                  # atom-specific affinity map
map 1Y6B_KeyH.S.map                  # atom-specific affinity map
map 1Y6B_KeyH.OA.map                 # atom-specific affinity map
elecmap 1Y6B_KeyH.e.map              # electrostatic potential map
dsolvmap 1Y6B_KeyH.d.map              # desolvation potential map
dielectric -0.1465                   # <0, AD4 distance-dep.diel;>0, constant

[ Last edited by swordzj858 on 2008-7-28 at 18:55 ]
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1楼 2008-07-28 17:28:57
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xingyun5182

铜虫 (初入文坛)
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
是不是Windows下不能同时进行两个grid计算?如果可能的话用命令格式输入试一下，应该会有更多提示的。
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2楼2008-07-28 21:04:39
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foradun

★ ★ ★ ★
swordzj858(金币+3,VIP+0):Thanks
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
把运行autogrid4的那界面中的autogrid4改为全路径。这个是windows版最讨厌的地方。

[ Last edited by foradun on 2008-7-29 at 10:07 ]
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3楼2008-07-29 10:05:25
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yujia5038

铁杆木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
只需将autogrid4.exe和autodock4.exe放在C:\Program Files\MGLTools 1.5.2\MGLToolsPckgs\binaries

这样就可以不用在ADT中更改或增加什么路径了。
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4楼2009-06-30 14:03:24
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