应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 【求助】Autodock4中进行RUN-AutoGrid时出现问题（5金币）
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
41/1返回列表
查看: 934  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

swordzj858

至尊木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】Autodock4中进行RUN-AutoGrid时出现问题（5金币）

各位高手，我在用Windows版的autodock4做对接时，一直进行到生成*.gpf文件时都比较正常，打开*.gpf文件也没发现问题。但是当我进行RUN-AutoGrid出现如下错误：
Running: autogrid4 -p M:\My Project\1y6b.gpf
[Error 2]
请教高位高手是什么问题？不胜感激。
附：1y6b.gpf文件
npts 40 40 40                        # num.grid points in xyz
gridfld 1Y6B_KeyH.maps.fld           # grid_data_file
spacing 0.375                        # spacing(A)
receptor_types A C HD N OA SA        # receptor atom types
ligand_types A NA C S OA             # ligand atom types
receptor 1Y6B_KeyH.pdbqt             # macromolecule
gridcenter -0.047 30.207 16.857      # xyz-coordinates or auto
smooth 0.5                           # store minimum energy w/in rad(A)
map 1Y6B_KeyH.A.map                  # atom-specific affinity map
map 1Y6B_KeyH.NA.map                 # atom-specific affinity map
map 1Y6B_KeyH.C.map                  # atom-specific affinity map
map 1Y6B_KeyH.S.map                  # atom-specific affinity map
map 1Y6B_KeyH.OA.map                 # atom-specific affinity map
elecmap 1Y6B_KeyH.e.map              # electrostatic potential map
dsolvmap 1Y6B_KeyH.d.map              # desolvation potential map
dielectric -0.1465                   # <0, AD4 distance-dep.diel;>0, constant

[ Last edited by swordzj858 on 2008-7-28 at 18:55 ]
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2008-07-28 17:28:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xingyun5182

铜虫 (初入文坛)
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
是不是Windows下不能同时进行两个grid计算?如果可能的话用命令格式输入试一下，应该会有更多提示的。
赞一下(10人) 回复此楼
2楼2008-07-28 21:04:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

foradun

★ ★ ★ ★
swordzj858(金币+3,VIP+0):Thanks
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
把运行autogrid4的那界面中的autogrid4改为全路径。这个是windows版最讨厌的地方。

[ Last edited by foradun on 2008-7-29 at 10:07 ]
赞一下(11人) 回复此楼
3楼2008-07-29 10:05:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yujia5038

铁杆木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
只需将autogrid4.exe和autodock4.exe放在C:\Program Files\MGLTools 1.5.2\MGLToolsPckgs\binaries

这样就可以不用在ADT中更改或增加什么路径了。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2009-06-30 14:03:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 swordzj858 的主题更新
41/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 315求调剂 +13 欣喜777 2026-04-04 14/700 2026-04-05 18:48 by liuying2007
[考研] 327求调剂 +3 拾光任染 2026-04-05 3/150 2026-04-05 18:20 by 啵啵啵0119
[考研] 070300化学求调剂 +17 小黄鸭宝 2026-03-30 17/850 2026-04-05 12:03 by 宁馨哈哈
[考研] 353求调剂 +10 MayUxw1 2026-04-03 10/500 2026-04-05 09:23 by 无际的草原
[考研] 323分（计算机视觉和大模型项目）能直接上手 +3 chaoxiicy 2026-04-01 3/150 2026-04-05 00:50 by chongya
[考研] 296材料专硕求调剂 +21 202451007219 2026-04-02 22/1100 2026-04-04 21:48 by hemengdong
[考研] 调剂 +4 是可乐不是可乐 2026-04-04 4/200 2026-04-04 19:41 by 唐沐儿
[考研] 272求调剂 +4 松柏常青5 2026-04-03 4/200 2026-04-04 17:03 by babysonlkd
[考研] 400分求调剂 +3 尴尬且挠头 2026-04-04 3/150 2026-04-04 08:41 by jp9609
[考研] 一志愿华中农业071010，总分320求调剂 +7 困困困困坤坤 2026-04-02 7/350 2026-04-03 17:26 by Yuena_Wang
[考研] 土木水利328分求调剂 +6 疾风知劲草666 2026-04-02 6/300 2026-04-03 11:38 by znian
[基金申请] 请问共同通讯和共同一作的认可度问题 10+4 psa1234 2026-04-01 10/500 2026-04-03 11:08 by Kittylucky
[考研] 一志愿安徽大学0817化学工程与技术，求调剂 +14 我不是只因 2026-04-02 15/750 2026-04-03 09:49 by 蓝云思雨
[考研] 一志愿厦门大学材料工程专硕354找调剂！！！ +8 贝呗钡钡 2026-03-30 8/400 2026-04-03 09:41 by hypershenger
[考研] 346求调剂 +5 郑诚乐 2026-04-02 5/250 2026-04-02 16:38 by SZW_UJN
[考研] 一志愿北京科技大学材料学硕328分求调剂 +6 1段时间 2026-03-31 7/350 2026-04-02 13:57 by 3041
[考研] 08工科求调剂290分 +5 1314捧花 2026-04-02 8/400 2026-04-02 13:16 by 乔哒哒哒
[考研] 267求调剂 +13 uiybh 2026-03-31 13/650 2026-04-01 10:25 by 探123
[考研] 085601 329分调剂 +6 yzsa12 2026-03-31 6/300 2026-03-31 15:23 by yanflower7133
[考研] 吉大生物学326分求调剂 +3 sunnyupup 2026-03-31 3/150 2026-03-31 09:28 by longlotian
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭