| 查看: 23219 | 回复: 123 | ||||||||||||||||||||||
| 【奖励】 本帖被评价77次，作者小范范1989增加金币 61.4 个 | ||||||||||||||||||||||
[资源]
高斯做紫外吸光谱和荧光光谱的方法（不一定准确哈） 已有6人参与
|
||||||||||||||||||||||
|
紫外吸收光谱和荧光光谱的做法（-我是这样的，不一定准确，嘿嘿。） 一：紫外吸收光谱： 1：首先，需要用高斯来优化基态的分子，就是普通的opt，我感觉高斯的用户都应该会，这事最简单的一个，假如说优化之后得到的文件为1.log（或者1.out）。 2：我们把1.log再次拖到高斯view中，再次保存成高斯输入文件 2.gif。这时候，我们需要利用2.gjf来算的是基于基态结构做的td文件，所以表头应该这样写：#p b3lyp/6-31g* td（nstates=20）当然这不一定准确，需要我们按照我们自己的要求进行修改，比如说我们的计算有溶剂，有温度，有压强，再比如有赝势等等，这个需要自己再修改计算的表头。假如说计算完之后，输出的文件为2.log。那么在2.log里面我们会发现如下的输出： Excitation energies and oscillator strengths: Excited State 1: Triplet-A 2.8450 eV 435.79 nm f=0.0000 <S**2>=2.000 209 -> 214 -0.13220 This state for optimization and/or second-order correction. Total Energy, E(TD-HF/TD-KS) = -2576.44057633 Copying the excited state density for this state as the 1-particle RhoCI density. Excited State 2: Triplet-A 2.8546 eV 434.33 nm f=0.0000 <S**2>=2.000 206 -> 214 0.10372 Excited State 3: Singlet-A 2.9106 eV 425.98 nm f=0.0269 <S**2>=0.000 212 -> 214 0.47207 213 -> 214 0.52044 Excited State 4: Singlet-A 2.9298 eV 423.19 nm f=0.0350 <S**2>=0.000 212 -> 214 0.51804 213 -> 214 -0.47391 Excited State 5: Triplet-A 3.0767 eV 402.98 nm f=0.0000 <S**2>=2.000 206 -> 215 0.22081 206 -> 216 -0.26880 206 -> 217 0.20657 Excited State 6: Triplet-A 3.0886 eV 401.42 nm f=0.0000 <S**2>=2.000 等等，一般在文件的4/5之处就能找到。 我计算的是td 50-50 所以说会有triplet的出现，这个没事的。 3：有了2.log文件，我们可以把文件放到高斯view中，通过results—uv-vis看到紫外吸收光谱 4：如果更近一步的话，可以在做出了紫外吸收光谱图之上，把鼠标放到我们高斯view看的图像上的横坐标上，右键—save data 保存数据，通过origin做出图像。 （我一般采取这样的方式） Ps：顺带说明一下，如果你采用的是第四部，那么保存出来的数据不是很多，可能需要我们把数据进行补充，需要用到一个展宽程序，程序很简单，一看就懂，就是修改一下里面的初始波长，以及展宽等等。附件就是f90程序。 二：荧光光谱 1：荧光光谱需要的高斯计算文件就是优化激发态的文件。其实如果对这个发光过程不太明白的话，可以先试试高斯手册上自带的荧光计算的粒子，但是，那个粒子里面考虑了溶剂的平衡效应和非平衡效应，如果我们要仔细研究的话，确实应该是按照荧光手册上的那七部来。 但是我这计算没有考虑那么多。再就是荧光大部分都是从S1发出的，当然不排除高激发态的荧光，我这也是只说从s1发出的荧光。需要的高斯文件就是优化s1的文件，#p b3lyp/6-31g* opt td 或者是opt td（singlet，root=1，nstates=20）等等，也是根据具体的情况我们在调剂，我感觉，优化激发态很容易出错，经常出现 you need sovle more …..等等，以及scf还有几何结构优化的不收敛等等，调节的方式，别人已经有总结了，我上研二上学期的时候，优化四个算是比较大的分子，一直出现这个错误，我啥事也没干，半年的时间就解决这个问题了，试了好多方式，最终解决了。 再就是，我还感觉一个问题就是，这个表头写的越简单，越不容易出错，就先只写 opt td。 假如说优化激发态的文件为1.gjf，计算输出的文件为1.log 2：通过1.log我们会看到如下的输出。 我的默认是3个，也就是没写nstates，如果想计算更多，可以写上nsates=n。对了，写到这里，我还突然想起来了，就是这个默认的三个，和增加nstates的时候，计算的输出竟然不一样，我当时也是很不理解，我在找个帖子问过。 http://ccc.keinsci.com/forum.php ... 1014&extra= 很感激sob大神的回复指点，现在好多人都去了他的论坛交流，而且，卢老师人很好，去上过他的课，一个优点腼腆的大牛，很热心，对你的问题一定会有解决的办法。 Excited State 1: Singlet-A 2.7329 eV 453.68 nm f=0.0401 <S**2>=0.000 209 -> 214 -0.13558 213 -> 214 0.68419 This state for optimization and/or second-order correction. Total Energy, E(TD-HF/TD-KS) = -2573.61424900 Copying the excited state density for this state as the 1-particle RhoCI density. Excited State 2: Singlet-A 3.1823 eV 389.60 nm f=0.0872 <S**2>=0.000 206 -> 214 0.19196 207 -> 214 0.13463 Excited State 3: Singlet-A 3.5119 eV 353.04 nm f=0.0210 <S**2>=0.000 208 -> 214 0.24089 3：通过以上的计算文件，我们可以看到第一个excited就是我们要的荧光的波长。当然，你也可以把1.log，通过高斯view保存成2.gjf，然后在算个td得到 2.log，里面对应的第一个的波长是一样的。 4：如果想得到荧光光谱怎么办？ 我当时看帖子，在sob的回复中看到了这样的回复，我就保存下来了。如下图。 3：我在重复一下sob老师的意思，我感觉就是把s1的振子强度保留，其余的都改为0.然后通过高斯view打开log文件，通过result—uv-vis看光谱，（和前面的吸收光谱一样）。当然也可以保存数据，通过展宽程序在进行处理，和前面说的一样。这就不赘述了。 上面就是做uv-vis和荧光光谱的方法。 如果说，保存了数据，通origin作图，会遇到把吸收和发射的光谱放到一个图像里面的问题，很多文章人家都这样做，我当时是这样处理的。这多亏了我张师姐和宋师姐，两位师姐告诉了我。其实自己也能鼓捣出来，但是有师姐问问，快。哈哈哈 在这里我就不写了，我当时学会了之后单独自己总结了一个word，吸收图像和发射图像的画法word，在附件中有，我们可以一起讨论一下。 顺带推荐几个我感觉比较好的帖子， http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7985639 yjcmwgk大神写的一个程序，能分析td文件，很方便。 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1742565&fpage=1 还是yjcmwgk大神的文章 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1514220&fpage=1 还是大神的文章。 我水平比较低，通过在小木虫和计算化学公社得到了很多人的指点，上面是我这几天做光谱是自己总结的一些东西，可能没太有什么用，我也就是下午闲着没事写写，咱们共同交流，共同进步。不正确的地方，还请指点，谢谢。 |
回复此楼» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : 电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算.doc
- 附件 2 : 高斯优化s1和t1的问题.doc
- 附件 3 : 画吸图像和发射图像.doc
- 附件 4 : 激发态优化出错-you-need-solve-more.pdf
- 附件 5 : 先理解知识.doc
- 附件 6 : scf不收敛和几何构型优化不收敛问题的解决来自总结.pdf
2015-06-19 18:00:46, 31 K
2015-06-19 18:00:46, 29.5 K
2015-06-19 18:00:48, 152 K
2015-06-19 18:00:49, 1.04 M
2015-06-19 18:00:49, 24.5 K
2015-06-19 18:00:49, 537.54 K
» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 有机资源 | 计算 | 化学污染与环境健康 | 经验 |
| 计算化学 | 不懂计算 | 自己感觉好的东西 | 计算化学好高大上呀 |
| 高斯相关 | 光谱模拟+数据分析 | 荧光计算 | 有用的帖子 |
| 计算菜鸟 | 量化计算 | 量子化学基础问题 | 高斯应用 |
| 计算模拟 | 基金申请资料搜集 | 高斯研究 | DFT计算 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
» 猜你喜欢
宁夏大学化学工程与技术专业招收博士研究生
已经有1人回复
-
南京大学软物质计算模拟方向硕博连读/直博生招生
已经有0人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有277人回复
-
International Journal of Nanoscience属于中科院4区吗？
已经有0人回复
-
博士生招生, 材料模拟方向，University of South Carolina
已经有0人回复
-
博士生招生, 材料模拟方向，University of South Carolina
已经有1人回复
-
美国杰克逊州立大学周剑歌教授的化学计算与AI实验室诚聘博士后研究员
已经有4人回复
-
博士生招生, 材料模拟方向，University of South Carolina
已经有1人回复
-
澳大利亚南昆士兰大学量子点课题组招收博士生
已经有0人回复
-
博士生招生, 材料模拟方向，University of South Carolina
已经有0人回复
-
Tc数据拟合
已经有0人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 高斯09怎么计算模拟磷光光谱？和荧光光谱一样吗？谢谢指点
已经有6人回复
- 用高斯09计算手册中乙醛在乙醇溶液中的荧光光谱的问题
已经有12人回复
- 怎样用高斯在计算配合物的UV光谱时，只计算某一波长范围内的紫外光谱跃迁
已经有6人回复
- 给你一个发射光谱，怎么进行高斯拟合，用origin8.0,
已经有4人回复
- 用高斯模拟的吸收光谱中，有三个峰出现，请问怎么确定最大吸收波长呢？
已经有3人回复
- 高斯计算氧化石墨烯紫外吸收光谱
已经有5人回复
- 高斯软件计算吸收光谱
已经有34人回复
- 小弟求助关于确定荧光发射光谱和激发光谱的问题------很着急！！！！！
已经有10人回复
- 高斯计算出来的UV紫外光谱分析
已经有6人回复
- 新手—高斯仿真红外光谱
已经有31人回复
- 用高斯计算磷光发射波长时，振子强度是0，实验上可以测量磷光光谱的，求交流
已经有19人回复
- 懂纳米金紫外光谱得童鞋请进
已经有12人回复
- 【求助】有些不懂，金纳米颗粒有紫外吸收，标记到细胞表面可以用激光共聚焦看见吗？
已经有8人回复
4楼2015-06-20 00:01:48
|
我不是大神，哈哈哈。就是一个小菜鸟，这个word是我当时作图的时候，师姐直接告诉我的，我就自己写了些，我怕后面的师弟师妹再问我，我忘了，所以我就写了个word，可能里面的语言是我自己的语言，顺序不太对，但是我看明白，有问题咱们随时交流，我给你穿上来，要是还不行，你留个邮箱。 |
» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : 画吸图像和发射图像.doc
2015-06-20 11:43:13, 152 K
11楼2015-06-20 11:43:16
|
对了，我吉林大学的一个网友，进上去刚刚交了我一个软件的使用，就是做吸收和发射光谱，和好用。操作不算是很难，她交得我。我给你传上来，你安装一下试试，很好用，比我之前的方法好多了。所以说，我感觉学术这个东西就是多多交流，可能我会的你不会，你会的我不会，咱们一交流，都就会了。哈哈哈 |
» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : setupGabedit248.exe
2015-06-20 11:45:58, 6.33 M
12楼2015-06-20 11:45:59
5楼2015-06-20 07:19:12
10楼2015-06-20 11:40:49
31楼2015-07-29 00:50:48
| 刚刚没上传f90?我在试试 |
» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : zhankai.f90
2015-06-19 18:01:59, 1.79 K
2楼2015-06-19 18:02:22
6楼2015-06-20 09:06:38
7楼2015-06-20 09:25:45
8楼2015-06-20 10:46:43
9楼2015-06-20 11:38:14
13楼2015-06-20 18:18:18
14楼2015-06-20 18:47:02
15楼2015-06-20 18:50:05
16楼2015-06-21 13:17:26
17楼2015-06-21 14:57:28
18楼2015-06-21 16:56:10
29楼2015-07-18 22:19:43
32楼2015-07-29 09:55:14
|
本帖内容被屏蔽 |
40楼2015-11-07 06:00:54
49楼2016-01-12 19:49:29
简单回复
czyzsu3楼
2015-06-19 22:19
回复
送红花一朵
debai19楼
2015-06-21 17:14
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
debai20楼
2015-06-21 17:18
回复
顶一下，感谢分享！
debai21楼
2015-06-21 17:19
回复
顶一下，感谢分享！
Quan.22楼
2015-06-22 05:19
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
Quan.23楼
2015-06-22 06:01
回复
顶一下，感谢分享！
Quan.24楼
2015-06-22 06:12
回复
顶一下，感谢分享！
2015-06-26 15:27
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
飘摇客26楼
2015-06-26 17:32
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
dayong15327楼
2015-06-30 06:29
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
40100627228楼
2015-07-01 21:37
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
a2006silent30楼
2015-07-27 20:15
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
jimsmart33楼
2015-09-03 12:18
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
2015-09-05 11:28
回复
五星好评 谢谢分享 发自小木虫Android客户端
spriing201235楼
2015-09-22 13:58
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
chenyfqqy36楼
2015-09-22 16:17
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
无谓直前37楼
2015-09-23 15:15
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
yefeiyibin38楼
2015-10-14 17:50
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
dandan200339楼
2015-10-14 21:18
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
alian_21441楼
2015-11-28 09:23
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
alian_21442楼
2015-11-28 09:23
回复
顶一下，感谢分享！
weiyongkai43楼
2015-12-20 21:45
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
caplee44楼
2015-12-21 23:39
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
ysysxmu45楼
2015-12-25 11:33
回复
五星好评 
谢谢分享
谢谢分享
2016-01-05 13:33
回复
顶一下，感谢分享！
bingdieduwu47楼
2016-01-05 21:16
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
csgcmj48楼
2016-01-10 00:02
回复
五星好评 顶一下，感谢分享！
Quan.50楼
2016-01-13 04:27
回复
顶一下，感谢分享！
100