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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 【求助】Autodock4中进行Grid时的问题
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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swordzj858

至尊木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】Autodock4中进行Grid时的问题

请教各位高手，我在用Autodock4.0进行对接时，前面进行比较顺利，当进行到准备marcomolecule时，进行如下操作：Grid——Macromolecule——choose——select molecule，但是当我选中蛋白质的编号时，出现了Warning: initializing 1Y6A.pdb的警告，然后是Warning：AutoGrid requires written pdbqt molecule!的警告。
请教各位高手是怎么回事？不胜感激！
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1楼 2008-07-27 14:55:52
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swordzj858

至尊木虫 (著名写手)

AUTODOCK4中的Solvation fields

非常感谢您的帮助，但是我重新打开autodock4，然后用Grid——macromolecule——open命令重新载入pdbqt文件后，找不到Grid——macromolecule——Add Solvent Parameter的命令，然后我将分子存为Pdbqs格式时出现【write PDBQS】的警告，提示ERROR: cannot creat the PDBQS file, all atoms do not have a solvation fields，请问是怎么回事啊，非常感谢。
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3楼2008-07-28 08:52:28
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xingyun5182

铜虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
swordzj858(金币+3,VIP+0):谢谢
你的ADT里放的一直都是pdb文件吧，生成pdbqt文件后要删除原始的pdb文件，重新载入pdbqt文件。
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2楼2008-07-27 21:32:20
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★ ★ ★ ★
swordzj858(金币+2,VIP+0):Thanks
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
在autodock4中受体与配体的文件格式都已变成了pdbqt的格式，不要再使用pdbqs的那种autodock3的格式了。
另外，在autodock4中溶剂化参数已经集成于参数文件中，不需要再另外添加
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
4楼2008-07-28 11:32:16
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