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swordzj858

至尊木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】Autodock4中进行Grid时的问题

请教各位高手,我在用Autodock4.0进行对接时,前面进行比较顺利,当进行到准备marcomolecule时,进行如下操作:Grid——Macromolecule——choose——select molecule,但是当我选中蛋白质的编号时,出现了Warning: initializing 1Y6A.pdb的警告,然后是Warning:AutoGrid requires written pdbqt molecule!的警告。
请教各位高手是怎么回事?不胜感激!
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xingyun5182

铜虫 (初入文坛)

★ ★ ★ ★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎再次光临计算模拟版!
swordzj858(金币+3,VIP+0):谢谢
你的ADT里放的一直都是pdb文件吧,生成pdbqt文件后要删除原始的pdb文件,重新载入pdbqt文件。
2楼2008-07-27 21:32:20
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swordzj858

至尊木虫 (著名写手)

AUTODOCK4中的Solvation fields

非常感谢您的帮助,但是我重新打开autodock4,然后用Grid——macromolecule——open命令重新载入pdbqt文件后,找不到Grid——macromolecule——Add Solvent Parameter的命令,然后我将分子存为Pdbqs格式时出现【write PDBQS】的警告,提示ERROR: cannot creat the PDBQS file, all atoms do not have a solvation fields,请问是怎么回事啊,非常感谢。
3楼2008-07-28 08:52:28
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

★ ★ ★ ★
swordzj858(金币+2,VIP+0):Thanks
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎再次光临计算模拟版!
在autodock4中受体与配体的文件格式都已变成了pdbqt的格式,不要再使用pdbqs的那种autodock3的格式了。
另外,在autodock4中溶剂化参数已经集成于参数文件中,不需要再另外添加
个人博客:[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
4楼2008-07-28 11:32:16
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