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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 利用R语言对来自GEO数据库的RNA-seq数据进行差异表达基因分析
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stickforver

银虫 (小有名气)

[求助] 利用R语言对来自GEO数据库的RNA-seq数据进行差异表达基因分析

各位虫友，大家好！本人初次接触生物信息学，很多问题不懂，在此向各位请教：
  1，我在进行GEO数据库检索时发现，GEO数据库里有很多文件，请问要进行差异基因表达要下载哪个文件。如检索http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE58514；
  2，将所需数据从GEO数据库下载之后，如何将数据导入R语言中？
  3，采用R语言进行差异基因表达分析时需要用到哪个软件包？
在此先谢过大家。因为本人现在完全理不清思路，因此如果各位的答案能尽可能详细点的话，我会非常感谢！谢谢！
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Neversaynever.
1楼 2015-06-17 00:08:47
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銮浔4

新虫 (初入文坛)
★
xn8008: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-10-04 16:46:33
楼主现在这问题解决了么，研一新生刚入门，望指点如上问题，谢谢
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2楼2016-10-04 16:31:32
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昆虫霸霸

铜虫 (小有名气)
同求，我只知道需要下载原始数据“GSE58514_RAW.tar”，然后如何用R进行，也在学习中
赞一下 回复此楼
实验加油！
3楼2019-05-10 14:19:17
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