应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Monte Carlo » 请教sorption（MS）问题，请大神帮助
71/1返回列表
查看: 3448  |  回复: 6
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

sunny11223

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 请教sorption（MS）问题，请大神帮助已有1人参与

小弟现在用MS中的sorption版块做气体吸附，遇到一些问题不是很明白，现在总结一下问题，请大神们帮助。万分感谢。
1，MS中的COMPASS力场是不是加密的，无法看到其具体参数，无法修改。
2，见文献中做GCMC气体吸附，有些吸附剂和吸附质会选择不同力场，当然他们可能使用bigmac或者music code等去模拟的。请问如果用sorption模拟的话，好像只能针对吸附剂选择一个力场，这样子的话是不是可以说sorption在这方面是局限的，是无法模拟出吸附剂与吸附质需要不同力场的情况。
3，关于力场选择。见文献中气体吸附一般用UFF，DREIING，首先请问为什么大部分都选这两个力场，是因为此力场下模拟出来的结果与experimental data更对应吗？还是有别的原因。
4，关于力场修改。见有些文献会把力场中的参数进行修改，因为是新手，所以请教一下这个修改过程。拿UFF做个例子，请问是不是这样：打开UFF的力场文件，把UFF力场中的某些参数进行修改后另存为UFF2，进行模拟的时候力场选择UFF2即可。
5，关于吸附质。见文献中，CO2，N2定义为 three-site molecule，to account for the quadrupole moment. 请问模拟过程中如何定义CO2，N2这样子的四级矩分子，像在sorption好中是没有选项设置的，在music-code中会有选项编辑将CO2，N2设定为四级矩分子吗？再比如说，CH4分子会被定义为united-atom，请问在sorption中怎样实现这样的定义（或者说在sorption中根本无法实现，只能在像music-code这样子才能实现）？sorption中如何实现对气体分子的这样子的定义？
6，对于sorption的吸附结果，纵坐标为loading（percell），请问这里的单位是N/Unique cell ，还是mol/mol ,学习过论坛中的几个帖子，有前辈说N/Unique cell就是mol/mol。请问sorption中这里的loading（percell）怎样转换成mmol/g.
7,关于混合气体的吸附选择性S的问题。Sij=Xi Yi/Xj Yj .请问sorption模拟的话，这里的分母Xj Yj 指的是哪一部分，作为体相浓度的话是不是就是整个敞开体系，那么计算Sij时，这里的Xj Yj就可忽略了，请问是这样子理解吗？
8，见一些文献模拟MOFs的breathing或者是flexible性能。请问，仅仅用MS模拟的话，此过程可不可以用sorption+discover（或forcite）来完成。
9，请大神们能否举个例子比较一下sorption与music code等在模拟气体吸附方面的具体差异，看过ghcacj大神的帖子，有过对music的详细介绍。因为小弟现在还没有运行过music，所以具体差异还不是很清楚。
10，用sorption来模拟气体吸附，请问能否给出气体在吸附剂表面的吸附状态（比如说紧密程度，吸附密度是可以给出的这个知道），能否给出吸附剂与吸附质分子的具体相互作用？
因为最近一直在用sorption，也是刚刚入门不久，所以问题很多，请大神们指点。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

my own 科研路

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼2015-06-15 22:25:40
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与，应助指数 +1
sunny11223(abinitio代发): 金币+50, 感谢精彩应助！ 2015-06-16 09:28:37
sunny11223: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢前辈的帮助 2015-06-16 16:32:04
挑几个我能回答的回答吧

1、compass在MS里是看不到参数的，你可以help里查下compass力场的文献出处，或许文献里会有。貌似lammps的安装包里的classⅡ就是compass力场，那个好像能打开看

3、这个可以看看help里对一些力场的说明，有适用范围的。Dreiding用过，算是比较简单的力场，有些体系的效果还不错的
The Dreiding forcefield has good coverage for organic, biological and main-group inorganic molecules. It is only moderately accurate for geometries, conformational energies, intermolecular binding energies and crystal packing.

4、大致思路是这样的，如果你知道off或者lib力场文件的编写规范，可以用ultraedit一类的软件直接编辑；在MS里的话可以导入MS允许编辑的力场文件，forcefield manager可以直接修改力场文件。要注意力场文件使用的量纲。

6、N/per cell换算mmol/g
N/阿伏伽德罗常数*1000=mmol
多孔骨架的分子量是在property explorer里看到的percell多孔骨架的质量我觉得是等于 多孔骨架分子量/阿伏伽德罗常数
整理下 N*1000/骨架分子量=mmol/g
【这个最好找老师确认下】

10、Predicting the loading of CH4 in zeolite MFI with Sorption里有作图显示哪里容易吸附，不知道是不是符合你的要求
赞一下(1人) 回复此楼
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
2楼2015-06-16 09:22:41
 已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
2楼: Originally posted by pigrass at 2015-06-16 09:22:41
挑几个我能回答的回答吧

1、compass在MS里是看不到参数的，你可以help里查下compass力场的文献出处，或许文献里会有。貌似lammps的安装包里的classⅡ就是compass力场，那个好像能打开看

3、这个可以看看help里 ...

lammps里的compass力场，可以拿记事本打开看
赞一下 回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : compass_published.frc
    • 2015-06-16 10:11:22, 66.18 K
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
3楼2015-06-16 10:11:36
 已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sunny11223

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pigrass at 2015-06-16 09:22:41
挑几个我能回答的回答吧

1、compass在MS里是看不到参数的，你可以help里查下compass力场的文献出处，或许文献里会有。貌似lammps的安装包里的classⅡ就是compass力场，那个好像能打开看

3、这个可以看看help里 ...

还是请教前辈关于吸附量的问题。之前看到一贴中ghcacj版主大神的回答也是，吸附量（mmol/g）=N/UC的值除以 吸附剂单包分子量，再乘以1000.和前辈是一致的。
请问，如果我不是用的规整的MOFs结构，比如我自己构建了一个CaCO3层，从中间挖一个孔，进行气体吸附。此时，sorption中吸附量纵坐标average loading（per cell）还可以按同样的方式换算吗？那么此时的单包分子量用最初导入的CaCO3单包的分子量？还是。？
赞一下 回复此楼
4楼2015-06-16 16:42:38
 已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
4楼: Originally posted by sunny11223 at 2015-06-16 16:42:38
还是请教前辈关于吸附量的问题。之前看到一贴中ghcacj版主大神的回答也是，吸附量（mmol/g）=N/UC的值除以 吸附剂单包分子量，再乘以1000.和前辈是一致的。
请问，如果我不是用的规整的MOFs结构，比如我自己构建了 ...

此时单胞分子量用 挖好孔的CaCO3
换算的话还是和上面一样
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

sunny11223
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
5楼2015-06-16 17:00:48
 已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sunny11223

铁杆木虫 (著名写手)
送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by pigrass at 2015-06-16 17:00:48
此时单胞分子量用 挖好孔的CaCO3
换算的话还是和上面一样...

谢谢前辈
回复此楼
6楼2015-06-17 08:53:31
 已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sunny11223

铁杆木虫 (著名写手)
经过一段时间积累，回答一下这几个问题。
1，MS中的COMPASS力场加密的，可以从SUN的COMPASS文献中看到部分参数。
2，如果用sorption来做GCMC过程的话，力场参数可以编辑，有些支持MS里的面板编辑（例DREIDING），像UFF的话只能编辑力场文件，在sorption中若是要编辑的力场参数同事满足吸附剂与吸附质的话，这两者所需力场的势函数必须是相同。
3，力场的选择首先看自己的体系，参考相应文献。。
5，对于联合原子的设定，个人认为sorption中无法很好完成。对这类处理，推荐用其它方法。
6，n/percell=（n/吸附剂单包分子量 ）* 1000 mmol/g, 转自其他大神
7.Sij=Xi Yi/Xj Yj ，sorption中的体相部分Xj Yj 指的是整个外界，这里用于计算Sij的话就没作用了，个人这么认为，不知对否。
8，吸附完后的扩散可以用forcite或discover来跑
赞一下 回复此楼
7楼2015-07-07 15:40:57
 已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 sunny11223 的主题更新
71/1返回列表
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭