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sunny11223铁杆木虫 (著名写手)
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请教sorption（MS）问题，请大神帮助 已有1人参与
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小弟现在用MS中的sorption版块做气体吸附，遇到一些问题不是很明白，现在总结一下问题，请大神们帮助。万分感谢。 1，MS中的COMPASS力场是不是加密的，无法看到其具体参数，无法修改。 2，见文献中做GCMC气体吸附，有些吸附剂和吸附质会选择不同力场，当然他们可能使用bigmac或者music code等去模拟的。请问如果用sorption模拟的话，好像只能针对吸附剂选择一个力场，这样子的话是不是可以说sorption在这方面是局限的，是无法模拟出吸附剂与吸附质需要不同力场的情况。 3，关于力场选择。见文献中气体吸附一般用UFF，DREIING，首先请问为什么大部分都选这两个力场，是因为此力场下模拟出来的结果与experimental data更对应吗？还是有别的原因。 4，关于力场修改。见有些文献会把力场中的参数进行修改，因为是新手，所以请教一下这个修改过程。拿UFF做个例子，请问是不是这样：打开UFF的力场文件，把UFF力场中的某些参数进行修改后另存为UFF2，进行模拟的时候力场选择UFF2即可。 5，关于吸附质。见文献中，CO2，N2定义为 three-site molecule，to account for the quadrupole moment. 请问模拟过程中如何定义CO2，N2这样子的四级矩分子，像在sorption好中是没有选项设置的，在music-code中会有选项编辑将CO2，N2设定为四级矩分子吗？再比如说，CH4分子会被定义为united-atom，请问在sorption中怎样实现这样的定义（或者说在sorption中根本无法实现，只能在像music-code这样子才能实现）？sorption中如何实现对气体分子的这样子的定义？ 6，对于sorption的吸附结果，纵坐标为loading（percell），请问这里的单位是N/Unique cell ，还是mol/mol ,学习过论坛中的几个帖子，有前辈说N/Unique cell就是mol/mol。请问sorption中这里的loading（percell）怎样转换成mmol/g. 7,关于混合气体的吸附选择性S的问题。Sij=Xi Yi/Xj Yj .请问sorption模拟的话，这里的分母Xj Yj 指的是哪一部分，作为体相浓度的话是不是就是整个敞开体系，那么计算Sij时，这里的Xj Yj就可忽略了，请问是这样子理解吗？ 8，见一些文献模拟MOFs的breathing或者是flexible性能。请问，仅仅用MS模拟的话，此过程可不可以用sorption+discover（或forcite）来完成。 9，请大神们能否举个例子比较一下sorption与music code等在模拟气体吸附方面的具体差异，看过ghcacj大神的帖子，有过对music的详细介绍。因为小弟现在还没有运行过music，所以具体差异还不是很清楚。 10，用sorption来模拟气体吸附，请问能否给出气体在吸附剂表面的吸附状态（比如说紧密程度，吸附密度是可以给出的这个知道），能否给出吸附剂与吸附质分子的具体相互作用？ 因为最近一直在用sorption，也是刚刚入门不久，所以问题很多，请大神们指点。  |
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【答案】应助回帖
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挑几个我能回答的回答吧 1、compass在MS里是看不到参数的，你可以help里查下compass力场的文献出处，或许文献里会有。貌似lammps的安装包里的classⅡ就是compass力场，那个好像能打开看 3、这个可以看看help里对一些力场的说明，有适用范围的。Dreiding用过，算是比较简单的力场，有些体系的效果还不错的 The Dreiding forcefield has good coverage for organic, biological and main-group inorganic molecules. It is only moderately accurate for geometries, conformational energies, intermolecular binding energies and crystal packing. 4、大致思路是这样的，如果你知道off或者lib力场文件的编写规范，可以用ultraedit一类的软件直接编辑；在MS里的话可以导入MS允许编辑的力场文件，forcefield manager可以直接修改力场文件。要注意力场文件使用的量纲。 6、N/per cell换算mmol/g N/阿伏伽德罗常数*1000=mmol 多孔骨架的分子量是在property explorer里看到的percell多孔骨架的质量我觉得是等于 多孔骨架分子量/阿伏伽德罗常数 整理下 N*1000/骨架分子量=mmol/g 【这个最好找老师确认下】 10、Predicting the loading of CH4 in zeolite MFI with Sorption里有作图显示哪里容易吸附，不知道是不是符合你的要求 |
2楼2015-06-16 09:22:41
pigrass
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lammps里的compass力场，可以拿记事本打开看 |
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经过一段时间积累，回答一下这几个问题。 1，MS中的COMPASS力场加密的，可以从SUN的COMPASS文献中看到部分参数。 2，如果用sorption来做GCMC过程的话，力场参数可以编辑，有些支持MS里的面板编辑（例DREIDING），像UFF的话只能编辑力场文件，在sorption中若是要编辑的力场参数同事满足吸附剂与吸附质的话，这两者所需力场的势函数必须是相同。 3，力场的选择首先看自己的体系，参考相应文献。。 5，对于联合原子的设定，个人认为sorption中无法很好完成。对这类处理，推荐用其它方法。 6，n/percell=（n/吸附剂单包分子量 ）* 1000 mmol/g, 转自其他大神 7.Sij=Xi Yi/Xj Yj ，sorption中的体相部分Xj Yj 指的是整个外界，这里用于计算Sij的话就没作用了，个人这么认为，不知对否。 8，吸附完后的扩散可以用forcite或discover来跑 |
7楼2015-07-07 15:40:57
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