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gaupay

至尊木虫 (正式写手)

[求助] 利用GROMACS怎么模拟药物小分子在脂膜中的分子动力学 已有1人参与

我已经下载到了磷脂膜的itp和top文件,但是不会使用PRODRG处理药物小分子,以及后续怎么把药物小分子放入到磷脂膜上下位置。求GROMACS大神帮助。GROMACS大法好!!!

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Godblessgoodman
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燕大侠

荣誉版主 (文坛精英)

小燕子守护人

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不懂

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2楼2015-05-24 22:27:35
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kindermoon

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你还需要药物分子的itp文件,可以去gromacs官网的tutorial上看看,有软件可以产生化学小分子的itp,一般用amber力场就可以。
有了itp和pdb文件以后,用vmd打开可以调整小分子在膜的位置,然后保存pdb就可以了。
3楼2015-05-25 20:54:54
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