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水静花闲

木虫 (初入文坛)

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[求助] Gromacs聚类分析中为什么RMSD相同却仍会被分成两类？

一直理解的聚类分析是纯粹根据RMSD数值对类别进行划分的，但最近在对一个体系进行聚类分析时，发现有两类RMSD完全相同，却仍被分成了两类，不明白为什么？如果聚类分析时还会参照其他因素的话，那么参照的又是什么？究竟什么样的结构才算是“一类”？

聚类分析命令：g_cluster -f nojump.xtc -s md.tpr -n m.ndx -b 1200 -e 3200 -dt 1 -tu ns -g g.log -sz sz.xvg
以下是聚类分析中部分.log文件内容：

cl. | #st  rmsd | middle rmsd | cluster members

643 | 303  0.129 | 2607 .106 | 2558 2559 2560 2561 2562 2563 2565
|          |          | 2566 2567 2569 2570 2571 2572 2573
|          |          | 2574 2575 2576 2577 2578 2580 2581
|          |          | 2582 2583 2584 2585 2586 2587 2588

650 | 209  0.127 | 2979 .106 | 2867 2868 2869 2870 2871 2872 2873
|          |          | 2874 2875 2876 2877 2878 2879 2880
|          |          | 2881 2882 2883 2884 2885 2886 2887
|          |          | 2888 2889 2890 2891 2892 2893 2894
|          |          | 2895 2896 2897 2898 2899 2900 2901

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