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两点水516

铜虫 (初入文坛)

[求助] "单倍型",什么是单倍型。 已有1人参与

对分子生物不太了解,麻烦大家帮忙。
“单倍型:一条染色体上两个或两个以上的多态性位点状态(等位基因)的组合叫作染色体单倍型。”
单倍型如何理解,为什么是两个或两个以上的多态性位点状态,如果是一个多态性位点状态那有是什么?如果某段DNA上有3个SNPs,理论上存在多少种单倍型?
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笔尖上的躁动

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by rhapsody007 at 2015-05-20 11:44:12
让我瞬间想到了 我当时上学那会的迷茫如同楼主一样。
那会我也是做SNP的,被各种名词搞得七荤八素,现已毕业三年,想起当年的状态,心中竟还有一丝激动。
我已不做科研三年了,所以我对问题的认识,还停留在三年 ...

师兄/师姐,你好,我最近在做植物种质遗传方面的研究,看到了您回复的帖子,想请教几个问题,关于单倍型,例:30个居群,239个样品,怎么得出来20个单倍型?
这是我看的一篇文献上面的数据,做群体方面研究,单倍型和样品或者群体没有关系么?
比如我做50个样品,用2对引物测出来的话,引物1,测序50个样品,每个样品的这段序列都有突变位点,怎么算?而且还有的研究还需要把两个引物测序的进行拼接?然后再计算单倍型数?这3*5太难了,求解答
6楼2016-03-08 18:20:26
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rhapsody007

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
两点水516(晞朔代发): 金币+2, 可能还需要改进一下,用染色体1、2、3会有歧义。意思是一条染色体上的单倍型1、2和3 2015-05-20 15:34:11
晞朔: MolEPI+1 2015-05-20 15:36:45
两点水516: 金币+3, ★★★很有帮助, 解决了部分问题,谢谢。 2015-05-22 09:25:32
让我瞬间想到了 我当时上学那会的迷茫如同楼主一样。
那会我也是做SNP的,被各种名词搞得七荤八素,现已毕业三年,想起当年的状态,心中竟还有一丝激动。
我已不做科研三年了,所以我对问题的认识,还停留在三年前,不知道可否帮助楼主。如有错误或者不严谨的地方,就全当我胡说。
举例说明吧:
首先,定义是一条染色体上至少存在2个等位基因位点,这样的等位基因位点组合叫做单体型。如:
染色体1:******T******G******
染色体2:******C******A******
染色体3:******T******A******
那么,TG,CA,TA分别是染色体1、2、3的单倍型。

如果只有一个多态性位点,即
染色体1:******T******
染色体2:******C******
染色体3:******T****** 这样就没法构成单倍型了,只是一个等位基因位点而已。
吉恩特磁珠
2楼2015-05-20 11:44:12
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两点水516

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by rhapsody007 at 2015-05-20 11:44:12
让我瞬间想到了 我当时上学那会的迷茫如同楼主一样。
那会我也是做SNP的,被各种名词搞得七荤八素,现已毕业三年,想起当年的状态,心中竟还有一丝激动。
我已不做科研三年了,所以我对问题的认识,还停留在三年 ...

如过是这样呢,染色体1、2、3的单倍型又是怎样的
染色体1:***A***T******G******
染色体2:***C***C******A******
染色体3:*******T******A******
3楼2015-05-22 09:31:54
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rhapsody007

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 两点水516 at 2015-05-22 09:31:54
如过是这样呢,染色体1、2、3的单倍型又是怎样的
染色体1:***A***T******G******
染色体2:***C***C******A******
染色体3:*******T******A******...

按照你说的这样,染色体1的单倍型就是ATG,2是CCA,3是*TA,但是3上的这个*,应该不是A就是C
吉恩特磁珠
4楼2015-05-22 10:00:48
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