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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 关于用VASP计算弹性常数的两个问题
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Vaucanson

金虫 (小有名气)

[求助] 关于用VASP计算弹性常数的两个问题 已有2人参与

最近在学习用VASP 5.3.5计算弹性常数，设置IBRION = 6, ISIF = 4计算。发现有两个问题想请教大家：
1. 当我用16核计算时，设置NCORE = 4，走完第一个离子步后报错，停止计算：
关于用VASP计算弹性常数的两个问题
这是否意味着要直接取消掉NCORE一类的相关参数？取消之后是warning，提示我设置NCORE。

2. 由于计算时晶胞有一定的变形，导致K点网格和晶格不匹配，所以往往产生以下的提示，但是会继续计算：

VERY BAD NEWS! internal error in subroutine IBZKPT:
Reciprocal lattice and k-lattice belong to different class of lattices. Often results are still useful...      96

不知道是否对结果有什么影响？

谢谢大家了。
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1楼 2015-05-17 16:23:23
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Vaucanson

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by vasp001 at 2015-06-14 16:04:43
你好，我最近使用VASP计算D3h晶体的弹性常数。然后输出的结果不是很懂。
不知道如何从VASP的OUTCAR中获得 Cij, 请多指教。

TOTAL ELASTIC MODULI (kBar)
Direction    XX          YY          ZZ          X ...

确定Cij的独立变量看文献就行，或者弹塑性力学上有，这个还是比较容易查找到的。

OUTCAR中给出的是一个二维六阶矩阵，XX-XX就是C11，XX-YY是C22，以此类推，不同的是XY-XY对应的是C66，我看你在另一个帖子中回复了，相信你也已经知道啦。

QQ什么的还是算啦，因为我自己就是一个菜鸟。
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11楼2015-06-14 20:20:17
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普通回帖

awdawdawdd

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
Vaucanson: 金币+20, ★★★很有帮助, 非常感谢 2015-05-17 19:02:39
IBRION=6的时候 有关parallel的开关只能选择默认值（NPAR NCORE之类的）

我觉得弹性常数最好还是手动算，尤其是对于对称性不高的情况。通过施加strain，每一个类型的strain多弄几个点，在ISIF=2下固定cell，relax所有原子，从OUTCAR中获得stress，然后线性拟合一下就可以获得弹性常数。这样一般都可以获得比较准确的值。利用stress-strain法的话，你的相关参数都要调高一点（ENCUT KPOINTS EDIFFG之类的），否则OUTCAR里面的stress不准确。

或者，也可以利用energy-strain的方法计算，参数要求没有stress-strain那么高，但是有多少个独立的弹性常数就要对cell进行多少组变形，计算量很大。

ref：
stress-strain法：
http://journals.aps.org/prb/abstract/10.1103/PhysRevB.65.104104
http://scitation.aip.org/content ... 0/10.1063/1.2711762
energy-strain法：
http://scitation.aip.org/content ... /9/10.1063/1.368733 (D9的第二行分母我觉得应该是减号，否则不volume conserving)
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2楼2015-05-17 18:49:02
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Vaucanson

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by awdawdawdd at 2015-05-17 18:49:02
IBRION=6的时候 有关parallel的开关只能选择默认值（NPAR NCORE之类的）

我觉得弹性常数最好还是手动算，尤其是对于对称性不高的情况。通过施加strain，每一个类型的strain多弄几个点，在ISIF=2下固定cell，rela ...

非常感谢你的回答，您说的手动算确实是一个选择，我现在尝试的是面心立方的铝的弹性常数的计算，像这样高对称的结构如果用VASP自带的功能计算而出现我说的提示不知道是否要紧？因为它会继续计算。
另外，不太明白您说的“parallel的开关只能选择默认值”，好像NCORE不存在默认值吧？是NCORE =1的意思？
最后，非常感谢你附的参考文献。
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3楼2015-05-17 19:08:45
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awdawdawdd

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
Vaucanson: 金币+20, ★★★很有帮助, 多谢回答 2015-05-18 21:07:14
franch: 金币+4, 应助指数+1, 谢谢回帖交流。。。。 2015-05-20 11:16:54
引用回帖:
3楼: Originally posted by Vaucanson at 2015-05-17 19:08:45
非常感谢你的回答，您说的手动算确实是一个选择，我现在尝试的是面心立方的铝的弹性常数的计算，像这样高对称的结构如果用VASP自带的功能计算而出现我说的提示不知道是否要紧？因为它会继续计算。
另外，不太明白 ...

有关parallelisation，主要是关系到multi-core multi-node的运算的效率
NCORE和NPAR是差不多的，INCAR内声明一个即可。NCORE默认值为1。parallelisation只会影响运算效率，一般不影响运算的结果。

但IBRION=5，6貌似都只能用默认值算(也就是你不在INCAR声明NPAR或者NCORE，或者把这些注释掉)，然后你用了默认值，输出文件里面肯定会提示你NPAR或者NCORE使用默认值计算的效率不高，此时忽略警告即可（因为你只能用默认值）。

还有，IBRION=6默认应该只取两个点（NFREE=2），加上strain=0的情况总共3个点，个人觉得不是很准确，因为拟合直线的话一般多取一些比较好（例如NFREE=4），然后调整好合适的strain的大小（POTIM默认为0.015Angst，根据你的体系调整）

ref：
parallelisation  http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp ... PLANE_KPAR_tag.html
NCORE http://cms.mpi.univie.ac.at/wiki/index.php/NCORE
IBRION=6、NFREE、POTIM： http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp/vasp/IBRION_5_IBRION_6.html
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4楼2015-05-17 19:24:54
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Li小喵

新虫 (初入文坛)
你好，我最近也在尝试着计算弹性常数，也出现了相同的情况，请问你解决了吗？我是VASP的初学者，菜鸟一枚，不知道该如何解决这个问题
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5楼2015-05-19 15:15:49
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huangsunchao

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
Vaucanson: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢回帖，我照你的方法试一下 2015-06-13 09:24:28
第一个问题没有遇见,第二个问题可以通过修改KPOINTS来解决.K点设置准则:a1*K1 =a3*K2 =a3*K3 =N,其中N为70或者80.这样做的目的有两个:1. 尽可能的均匀划分K空间,2. 在计算弹性常数时,晶格体积发生形变,对应K空间划分也会发生变化,所以要让a1*K1 尽可能是10的倍数.
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6楼2015-06-12 09:27:32
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Vaucanson

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by Li小喵 at 2015-05-19 15:15:49
你好，我最近也在尝试着计算弹性常数，也出现了相同的情况，请问你解决了吗？我是VASP的初学者，菜鸟一枚，不知道该如何解决这个问题

第一个问题我觉得不能设置并行参数，只能把NCORE注释掉；第二个暂时还没有什么好方法，而且最近算的弹性常数老是错的，全是负数
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7楼2015-06-13 09:46:51
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vasp001

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by awdawdawdd at 2015-05-17 18:49:02
IBRION=6的时候 有关parallel的开关只能选择默认值（NPAR NCORE之类的）

我觉得弹性常数最好还是手动算，尤其是对于对称性不高的情况。通过施加strain，每一个类型的strain多弄几个点，在ISIF=2下固定cell，rela ...

你好，我最近使用VASP计算D3h晶体的弹性常数。然后输出的结果不是很懂。
不知道如何从VASP的OUTCAR中获得 Cij, 请多指教。

TOTAL ELASTIC MODULI (kBar)
Direction    XX          YY          ZZ          XY          YZ          ZX
--------------------------------------------------------------------------------
XX         614.9821    162.6485     -1.1175     -0.5210      0.0000      0.0000
YY         162.6485    615.4451     -1.0843      0.9220      0.0000      0.0000
ZZ          -1.1175     -1.0843     -1.7237      0.0287      0.0000      0.0000
XY          -0.5210      0.9220      0.0287    227.1156      0.0000      0.0000
YZ           0.0000      0.0000      0.0000      0.0000     -0.4616      0.0064
ZX           0.0000      0.0000      0.0000      0.0000      0.0064     -0.4690

另外如何根据晶体对称性来确定Cij中独立变量，
如何从VASP的OUTCAR文件中获得Cij数值？


还请不吝指教。

另外你有即时沟通工具吗？ 有的话，方便提供一下吗？
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一定要精通MaterialsStudios,VASP.
8楼2015-06-14 16:04:43
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vasp001

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by awdawdawdd at 2015-05-17 19:24:54
有关parallelisation，主要是关系到multi-core multi-node的运算的效率
NCORE和NPAR是差不多的，INCAR内声明一个即可。NCORE默认值为1。parallelisation只会影响运算效率，一般不影响运算的结果。

但IBRION=5， ...

你好，我最近使用VASP计算D3h晶体的弹性常数。然后输出的结果不是很懂。
不知道如何从VASP的OUTCAR中获得 Cij, 请多指教。

TOTAL ELASTIC MODULI (kBar)
Direction    XX          YY          ZZ          XY          YZ          ZX
--------------------------------------------------------------------------------
XX         614.9821    162.6485     -1.1175     -0.5210      0.0000      0.0000
YY         162.6485    615.4451     -1.0843      0.9220      0.0000      0.0000
ZZ          -1.1175     -1.0843     -1.7237      0.0287      0.0000      0.0000
XY          -0.5210      0.9220      0.0287    227.1156      0.0000      0.0000
YZ           0.0000      0.0000      0.0000      0.0000     -0.4616      0.0064
ZX           0.0000      0.0000      0.0000      0.0000      0.0064     -0.4690

另外如何根据晶体对称性来确定Cij中独立变量，
如何从VASP的OUTCAR文件中获得Cij数值？


还请不吝指教。

另外你有即时沟通工具吗？ 有的话，方便提供一下吗？
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9楼2015-06-14 16:04:56
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vasp001

金虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by Vaucanson at 2015-06-13 09:46:51
第一个问题我觉得不能设置并行参数，只能把NCORE注释掉；第二个暂时还没有什么好方法，而且最近算的弹性常数老是错的，全是负数...

你好，我最近使用VASP计算D3h晶体的弹性常数。然后输出的结果不是很懂。
不知道如何从VASP的OUTCAR中获得 Cij, 请多指教。

TOTAL ELASTIC MODULI (kBar)
Direction    XX          YY          ZZ          XY          YZ          ZX
--------------------------------------------------------------------------------
XX         614.9821    162.6485     -1.1175     -0.5210      0.0000      0.0000
YY         162.6485    615.4451     -1.0843      0.9220      0.0000      0.0000
ZZ          -1.1175     -1.0843     -1.7237      0.0287      0.0000      0.0000
XY          -0.5210      0.9220      0.0287    227.1156      0.0000      0.0000
YZ           0.0000      0.0000      0.0000      0.0000     -0.4616      0.0064
ZX           0.0000      0.0000      0.0000      0.0000      0.0064     -0.4690

另外如何根据晶体对称性来确定Cij中独立变量，
如何从VASP的OUTCAR文件中获得Cij数值？


还请不吝指教。

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10楼2015-06-14 16:05:03
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