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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 材料与有机物吸附建模，怎么确定有机物与材料的距离？
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czj1019

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1楼2015-05-12 22:45:07
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congtaiupc

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 感谢指导 2015-05-13 13:50:52
①如果考察的是吸附过程，建议楼主让有机物在溶液中随机分布；
②如果只是考察最后的吸附结果，过程可以不考虑，那可以将有机物放在固体表面的位置，距离固体表面3~4埃的位置，这样最后可以看出有机物到底是被表面吸附还是排斥；
③如果硅酸盐矿物表面没有经过羟基化处理，建议全部固定；经过羟基化处理，只需固定羟基层下面的原子即可。还有就是- -不需要打断它们之间的键！
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用青春书写青春
2楼2015-05-13 08:56:49
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czj1019

禁虫 (著名写手)
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3楼2015-05-13 09:35:17
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congtaiupc

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
czj1019(月只蓝代发): 金币+2, 感谢指导 2015-05-13 13:50:46
引用回帖:
3楼: Originally posted by czj1019 at 2015-05-13 09:35:17
需要的是吸附结果，表面没有羟基化处理，但是文献中一般写的是固定下面几层。还有就是表面有多种原子，应该放在什么位置呢?热心大神求解答...

那就把它放在固体表面吧。
至于你说的文献中固定下面几层（我不清楚你的硅酸盐表面到底是什么样子），在这里说一下固定的理由：固定是忽略了被固定的部分在动力学模拟中的位移，由于固体原子本身的热力学振动与你的研究对象（有机物分子）的位移相比可以忽略，所以固定，同时防止了动力学模拟中固体的变形。（楼主可以自行思考一下自己模型到底怎么固定）
至于放置位置，可以放在你想研究的区域的上方，如果不明确，可以放置几个不同位置试算一下，看一下它们之间的不同。
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用青春书写青春
4楼2015-05-13 11:03:52
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czj1019

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5楼2015-05-13 12:56:14
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